生物格式

BIOM文件格式的接口包

生物导体版本：释放（3.19）

这是一个R包，用于与BIOM格式接口。该包包括用于读取biom格式文件、从biom对象（比单个表更复杂）访问和子设置数据表的基本工具，以及将biom对象写回biom格式文件的有限支持。该API的设计旨在与python API和生物形态项目中包含的其他工具相匹配，但具有R用户应该熟悉的“R风格”。这包括S4类和方法，以及通用核心函数/方法的扩展。

作者：保罗·麦克默迪（Paul J.McMurdie）和约瑟夫·保尔森（Joseph N Paulson）

维护人员：保罗·麦克默迪（Paul J.McMurdie）

引文（从R中输入引文（“生物格式”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“biomformat”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“生物格式”）

生物格式包渐晕	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	数据导入,免疫肿瘤学,基因组,微生物组,软件
版本	1.32.0
在生物导体中	生物多样性3.3（R-3.3）（8.5年）
许可证	GPL-2型
取决于	R（>=3.2），方法
进口	胶合板(>= 1.8),jsonlite公司(>= 0.9.16),矩阵(>= 1.2),rhdf5型
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/joey711/biomformat/ http://biom-format.org/
错误报告	https://github.com/joey711/biomformat/issues

建议	测试那个(>= 0.10),针织物(>= 1.10),仿生风格(>= 1.6),rmarkdown公司(>= 0.7)
链接到
增强功能
取决于我
导入我	微生物资源管理器,微生物标记,品学兼优
建议我	微生物,宏基因组eq,MGnifyR公司,米娅,微生物菌剂工艺,MetaScope（元作用域）,元码器
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	生物形态_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	生物格式_1.32.0.zip
macOS二进制（x86_64）	生物形态_1.32.0.tgz
macOS二进制（arm64）	生物形态_1.32.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomformat网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：软件包/生物格式
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/biomformat网址/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/biomformat网站/
软件包下载报告	下载统计信息