基本质量控制
使用Illumina Basecalling和解复用输入和输出文件
生物导体版本:释放(3.19)
basecallQC软件包提供了使用Illumina bcl2Fastq(版本>=2.1.7)软件的工具。在使用bcl2Fastq软件进行基本调用和解复用之前,basecallQC功能允许用户将Illumina样本表从版本<=1.8.9更新为>=2.1.7标准,清除样本表中的常见问题,例如无效的样本名称和ID,创建读取和索引基掩码以及bcl2Fastq命令。在生成基本调用和解复用数据之后,basecallQC包允许用户从Illumina XML输出文件生成HTML表、绘图和自我包含的汇总指标报告。
作者:托马斯·卡罗尔和玛丽安·多尔
维护人员:托马斯·卡罗尔(Thomas Carroll)<tc.infomatics at gmail.com>
引文(从R中输入引文(“basecallQC”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“basecallQC”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“basecallQC”)
细节
生物视图 |
数据导入,基础设施,质量控制,排序,软件 |
版本 |
1.28.0 |
在生物导体中 |
生物碳3.5(R-3.4)(7.5年) |
许可证 |
GPL(>=3) |
取决于 |
R(>=3.4)、stats、utils、methods、,rmarkdown公司,针织物,美女医生,山药 |
进口 |
ggplot2,字符串,XML格式,光栅,dplyr公司,数据表,三年,马格里特,DT公司,懒惰的,ShortRead(短阅读) |
系统要求 |
bcl2Fastq(版本>=2.1.7) |
统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。