VERSO公司

病毒进化重组（VERSO）

生物导体版本：释放（3.19）

在大流行期间，病毒基因组中快速积累的突变可用于跟踪病毒的进化，从而解开病毒感染网络。在这种程度上，病毒的测序样本可用于从基因组流行病学中估计模型，并可用于，例如，通过发现隐秘传播来估计未被发现的感染者的比例，并预测感染、住院、死亡和康复人数的可能趋势。VERSO是一个算法框架，用于处理病毒样本中的变异谱，以生成病毒进化的系统发育模型。该方法通过最大化对数似然函数来解决具有系统发育约束的布尔矩阵分解问题。VERSO包括两个单独的后续步骤；在这个包中，我们提供了VERSO STEP 1的R实现。

作者：丹尼尔·拉马佐蒂，法布里奇奥·安加罗尼[aut]，大卫德·马斯佩罗[cre，aut]

维护人员：戴维德·马斯佩罗（Davide Maspero）

引文（从R中输入引文（“VERSO”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“VERSO”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“VERSO”）

介绍	HTML格式	R脚本
运行VERSO	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	生物医学信息学,排序,软件,体细胞突变
版本	1.14.0
在生物导体中	生物柴油3.12（R-4.0）（4年）
许可证	文件许可证
取决于	R（>=4.1.0）
进口	实用程序，数据树,猿，平行，快速，统计信息
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/BIMIB-DISCo/VERSO网站
错误报告	https://github.com/BIMIB-DISCo/VERSO网站

建议	生物遗传学,仿生风格,测试那个,针织物
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	版本_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	VERSO_1.14.0.zip版本
macOS二进制（x86_64）	版本O_1.14.0.tgz
macOS二进制（arm64）	版本_1.14.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VERSO网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：软件包/VERSO
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/VERSO网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/VERSO网站/
软件包下载报告	下载统计信息