TCGAutils公司
用于数据管理的TCGA实用程序功能
生物导体版本：释放（3.19）
一套用于检查和操作TCGA数据的助手函数，包括从策划的TCGAData实验包中获得的数据。这些功能旨在简化TCGA数据并使其更易于管理。导出的函数包括将平面文件中的数据导入Bioconductor对象、转换行注释以及通过GDC API进行标识符转换的函数。
作者：马塞尔·拉莫斯[aut，cre]
、卢卡斯·希弗[aut]、肖恩·戴维斯[ctb]、列维·瓦尔德隆[aut'
维护人员：马塞尔·拉莫斯<Marcel.Ramos at roswellpark.org>
引文（从R中输入引文（“TCGAutils”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“TCGAutils”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“TCGAutils”）
细节
| 生物视图 |
数据导入,预处理,软件,工作流步骤 |
| 版本 |
1.24.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.7（R-3.5）（6.5年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=4.2.0） |
| 进口 |
注释Dbi,生物遗传学,BiocBaseUtils公司,基因组信息Db,基因组特征,基因组范围,基因组数据共享,I范围、方法、，多重分析实验,Ragged实验(>= 1.5.7),服务器,S4载体，统计，字符串,总结性实验，实用程序，xml语言2 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
|
| 错误报告 |
https://github.com/waldronlab/TCGAutils/issues |
查看更多
| 建议 |
批注中心,仿生风格,管理的TCGA数据,复杂热图,开发工具,数字播放器,高温气冷堆,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19公司,插补,针织物,马格里特,镜子底座.db,组织Hs.eg.db,R彩色啤酒,阅读器,rmarkdown公司,RTCGA工具箱(>= 2.17.4),无线电跟踪器,R.utils公司,测试那个,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg18.known基因,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因 |
| 链接到 |
|
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
|
| 导入我 |
cBioPortalData公司,glmSparseNet公司,RTCG工具箱,terraTCGA数据 |
| 建议我 |
CNV愤怒,dce公司,管理的TCGA数据 |
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
