聚光灯清扫器

空间转录组学的空间软件质量控制

生物导体版本：释放（3.19）

空间感知质量控制（QC）软件，用于基于点的空间转录组学中的点水平和伪影水平QC，如10x Visium。这些方法计算标准QC指标（库大小、独特基因和线粒体百分比）的局部（最近邻）平均值和方差，以识别离群点和大型技术伪影。

作者：迈克尔·托蒂[aut，cre]，斯蒂芬妮·希克斯[aut]，郭伯义[aut]

维护人员：迈克尔·托蒂（Michael Totty）<mictott at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“SpotSweeper”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“SpotSweeper”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“SpotSweeper”）

生物视图	基因表达式,质量控制,软件,空间,转录组学
版本	1.0.2
在生物导体中	生物C 3.19（R-4.4）（<6个月）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=4.4.0）
进口	空间实验,总结性实验,生物邻居,单细胞实验，统计，escheR公司,MASS（质量）,ggplot2,空间生态，gr设备
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/MicTott/SpotSweeper网站
错误报告	https://support.bioconductor.org/tag/SpotSweeper网站

建议	针织物,仿生风格,rmarkdown公司,舷窗,S示例数据,ggpubr公司,测试那个(>= 3.0.0)
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	扫点器_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	SpotSweeper_1.0.2.zip
macOS二进制（x86_64）	扫点器_1.0.2.tgz
macOS二进制（arm64）	扫点器_1.0.2.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpotSweeper网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/SpotSweeper
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SpotSweeper网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/SpotSweeper网站/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档