蜘蛛侠

这个包裹是已弃用。很可能从Bioconductor中移除。请参阅这个成套设备寿命终止指南了解更多信息。

SpidermiR:一种用于miRNA数据综合网络分析的R/Bioconductor软件包


生物导体版本:释放(3.19)

SpidermiR的目标是:i)促进从GeneMania数据中进行网络开放存取数据检索,ii)使用适当的基因命名法准备数据,iii)在特定网络中集成miRNA数据,iv)提供不同的标准分析,v)允许用户可视化结果。更详细地说,该软件包提供了多种查询、准备和下载网络数据(GeneMania)的方法,以及与验证和预测的miRNA数据(mirWalk、miRTarBase、miRandola、Miranda、PicTar和TargetScan)的集成。此外,我们还利用DGIdb和MATADOR数据库得出的基因-药物相互作用,提出了一种统计检验来确定药物-药物之间的关系。

作者:克劳迪娅·卡瓦(Claudia Cava)、安东尼奥·科拉普里科(Antonio Colaprico)、亚历克斯·格劳登齐(Alex Graudenzi)、格洛丽亚·贝尔托利(Gloria Bertoli)、蒂亚戈·席尔瓦(Tiago C.Silva)、凯瑟琳娜·奥尔森(Catharina Olsen)、胡坦·努什梅尔(Houtan Noushm

维护人员:Claudia Cava<Claudia.Cava at ibfm.cnr.it>

引文(从R中输入引文(“蜘蛛侠”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“SpidermiR”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

参考手册 PDF格式

细节

生物视图 基因调控,网络,软件,微小RNA
版本 1.34.0
在生物导体中 生物多样性3.3(R-3.3)(8.5年)
许可证 GPL(>=3)
取决于 R(>=3.0.0)
进口 高温气冷堆,记录仪,实用程序,统计信息,miRNTap(微RNTap),miRNA标签.db,注释Dbi,组织Hs.eg.db,格达塔
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/claudiacava/SpidermiR网站
错误报告 https://github.com/claudiacava/SpidermiR/issues网站
查看更多
建议 仿生风格,针织物,rmarkdown公司,测试那个,开发工具,氧气2
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpidermiR网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/SpidermiR
包短Url https://bioconductor.org/packages/SpidermiR网站/
软件包下载报告 下载统计信息