蜘蛛侠
这个包裹是已弃用。很可能从Bioconductor中移除。请参阅这个成套设备寿命终止指南了解更多信息。
SpidermiR:一种用于miRNA数据综合网络分析的R/Bioconductor软件包
生物导体版本:释放(3.19)
SpidermiR的目标是:i)促进从GeneMania数据中进行网络开放存取数据检索,ii)使用适当的基因命名法准备数据,iii)在特定网络中集成miRNA数据,iv)提供不同的标准分析,v)允许用户可视化结果。更详细地说,该软件包提供了多种查询、准备和下载网络数据(GeneMania)的方法,以及与验证和预测的miRNA数据(mirWalk、miRTarBase、miRandola、Miranda、PicTar和TargetScan)的集成。此外,我们还利用DGIdb和MATADOR数据库得出的基因-药物相互作用,提出了一种统计检验来确定药物-药物之间的关系。
作者:克劳迪娅·卡瓦(Claudia Cava)、安东尼奥·科拉普里科(Antonio Colaprico)、亚历克斯·格劳登齐(Alex Graudenzi)、格洛丽亚·贝尔托利(Gloria Bertoli)、蒂亚戈·席尔瓦(Tiago C.Silva)、凯瑟琳娜·奥尔森(Catharina Olsen)、胡坦·努什梅尔(Houtan Noushm
维护人员:Claudia Cava<Claudia.Cava at ibfm.cnr.it>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“SpidermiR”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。