SVMDO公司
基于疾病本体支持的支持向量机识别肿瘤鉴别mRNA特征
生物导体版本:释放(3.19)
它是一个易于使用的GUI,使用疾病信息检测肿瘤/正常样本,从差异表达基因中识别基因集。我们的方法基于一种迭代算法,通过疾病本体富集分析过滤基因,并将wilk和wilks-lambda准则连接到SVM分类模型构建中。除了提取基因集外,SVMDO还提供了个体预后标记检测。该算法是为FPKM和RPKM规范化RNA-Seq转录组数据集设计的。
作者:穆斯塔法·埃尔汉·奥泽[aut,cre],佩姆拉·奥兹别克·萨里卡[aut],卡齐姆·亚尔钦·阿尔加[aut]
维护人员:穆斯塔法·埃尔汗·奥泽<erhanozer19在marun.edu.tr>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“SVMDO”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览幻影(“SVMDO”)
细节
生物视图 |
分类,差异表达式,图形用户界面,GeneSet扩展,RNA序列,软件,生存,转录组学 |
版本 |
1.4.7 |
在生物导体中 |
生物柴油3.17(R-4.3)(1.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.4),闪亮的(>= 1.7.4) |
进口 |
shiny文件(>= 0.9.3),发光体(>= 0.1.0),傀儡(>= 0.3.5),北欧(>= 1.0-4),e1071号(>= 1.7-12),BSDA公司(>= 1.2.1),数据表(>= 1.14.6),新加坡证券交易所(>= 2.8.9),klaR(千帕)(>= 1.7-1),ca工具(>= 1.18.2),插入符号(>= 6.0-93),生存(>= 3.4-0),DT公司(>= 0.33.0),剂量(>= 3.24.2),注释Dbi(>= 1.60.0),组织Hs.eg.db(>= 3.16.0),数字播放器(>= 1.0.10),总结性实验(>=1.28.0),grDevices、graphics、stats、utils |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
|
错误报告 |
https://github.com/robogeno/SVMDO/问题 |
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程序包档案
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