上海国际机场

组织的空间图像分析

生物导体版本：释放（3.19）

SPIAT（**Sp**atial**I**mage****T**问题分析）是一个R包，包含一套数据处理、质量控制、可视化和数据分析工具。SPIAT与单细胞空间蛋白质组学平台（例如OPAL、CODEX、MIBI、细胞轮廓仪）生成的数据兼容。SPIAT以细胞的X和Y坐标、标记强度和细胞表型的形式读取空间数据。SPIAT包括六个分析模块，用于可视化、计算细胞共定位、分类与肿瘤区域相关的免疫微环境、分析细胞邻域以及量化空间异质性，为空间数据分析提供了一个全面的工具包。

作者：安娜·特里戈斯[aut]，玉州峰[aut，cre]、杨天培[aut]、李梅贝尔[aut]John Zhu[aut]、沃尔坎·奥兹科班[aut〕、玛丽亚·道尔[aut'

维护人员：Yuzhou Feng<petermac.org上的Yuzhour.Feng>

引文（从R中输入引文（“SPIAT”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“SPIAT”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“SPIAT”）

使用SPIAT进行基本分析	HTML格式	R脚本
用SPIAT表征组织结构	HTML格式	R脚本
用SPIAT识别细胞邻域	HTML格式	R脚本
SPIAT包概述	HTML格式	R脚本
SPIAT的质量控制和可视化	HTML格式	R脚本
用SPIAT定量细胞共定位	HTML格式	R脚本
在SPIAT中读取数据和数据格式	HTML格式	R脚本
SPIAT的空间异质性	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	生物医学信息学,细胞生物学,群集,数据导入,免疫肿瘤学,质量控制,单个单元格,软件,空间,可视化
版本	1.6.2
在生物导体中	生物柴油3.16（R-4.2）（2年）
许可证	艺术-2.0+文件许可证
取决于	R（>=4.2.0），空间实验(>= 1.8.0)
进口	ap集群(>= 1.4.7),ggplot2(>= 3.2.1),额外网格(>= 2.3),gtools公司(>= 3.8.1),重塑2(>= 1.4.3),数字播放器(>= 0.8.3),RANN公司(>= 2.6.1),普拉克马(>= 2.2.5),聚类算法(>= 1.1-5),mmand（命令）(>= 1.5.4),易怒的（>=2.1.3）、grDevices、stats、utils、，房间,同上顺序,spastat.geom公司、方法、，spastat.explore软件,光栅,服务提供商,总结性实验,爱尔兰航空公司
系统要求
统一资源定位地址	https://trigosteam.github.io/SPIAT网站/
错误报告	https://github.com/trigosteam/SPIAT/issues

建议	仿生风格,巧妙地(>= 4.9.0),针织物,rmarkdown公司,pkg向下,测试那个、图形、，阿尔法赫尔,Rtsne公司,乌玛,复杂热图,埃尔莎
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	SPIAT_1.6.2.目标.gz
Windows二进制	SPIAT_1.6.2.拉链
macOS二进制（x86_64）	上海国际机场_1.6.2.tgz
macOS二进制（arm64）	上海国际机场_1.6.1.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPIAT网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/SPIAT
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SPIAT网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/SPIAT网站/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档