SIAMCAT公司

微生物群落与寄主表型相关性的统计推断

生物导体版本：释放（3.19）

微生物群落和寄主表型之间关联的统计推断管道（SIAMCAT）。分析微生物组数据的主要目的是确定与环境因素相关的群落组成变化。特别是，将人类微生物组分与宿主表型（如疾病）联系起来已成为一个热门研究领域。为此，迫切需要强大的统计建模和生物标记提取工具包。SIAMCAT提供了支持数据预处理、统计关联测试、统计建模（LASSO逻辑回归）的完整管道，包括用于评估和解释这些模型的工具（例如交叉验证、参数选择、ROC分析和诊断模型图）。

作者：Konrad Zych[作者]，雅各布·维贝尔[aut，cre]，乔治·泽勒[aut]、摩根·埃塞克斯（Morgan Essex）、尼古拉·卡彻（Nicolai Karcher）、克尔斯滕·布鲁尔（Kersten Breuer）

维护人员：雅各布·维贝尔（Jakob Wirbel）

引文（从R中输入引文（“SIAMCAT”）):

安装

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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“SIAMCAT”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

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浏览幻影（“SIAMCAT”）

SIAMCAT基本小插曲	HTML格式	R脚本
SIAMCAT混淆示例	HTML格式	R脚本
SIAMCAT保持测试	HTML格式	R脚本
SIAMCAT输入	HTML格式	R脚本
SIAMCAT荟萃分析	HTML格式	R脚本
SIAMCAT ML陷阱	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	分类,群集,特征提取,遗传变异性,免疫肿瘤学,基因组,微生物组,多重比较,预处理,回归,排序,软件
版本	2.8.0
在生物导体中	生物技术3.7（R-3.5）（6.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.2.0），mlr3号机组,品学兼优
进口	豆状图,格尔姆奈特，图形，grDevices，网格，网格底部,额外网格,利伯里纳,矩阵统计、方法、，pROC公司,PRROC公司,R彩色啤酒,规模，统计，字符串，实用程序，信息提奥,进步,校正图,lmer测试,mlr3学习者,mlr3调谐,悖论,长距离无线电
系统要求
统一资源定位地址

建议	仿生风格,测试那个,针织物,rmarkdown公司,潮韵诗,ggpubr公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	SIAMCAT_2.80.tar.gz公司
Windows二进制	SIAMCAT_2.8.0.zip系统
macOS二进制（x86_64）	SIAMCAT_2.8.0.tgz公司
macOS二进制（arm64）	SIAMCAT_2.8.0.tgz公司
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SIAMCAT网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/SIAMCAT
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SIAMCAT网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/SIAMCAT网站/
软件包下载报告	下载统计信息