SCArray.sat公司
使用GDS文件和Seurat进行大规模单细胞RNA-seq数据分析
生物导体版本：释放（3.19）
扩展Seurat类和函数，以支持基因组数据结构（GDS）文件作为数据表示的DelayedArray后端。它依赖于SCArray包中基于GDS的DelayedMatrix的实现来表示单细胞RNA-seq数据。利用基于GDS和单单元特定DelayedMatrix（SC_GDSMatrix）的通用优化算法在SCArray包中实现。SCArray.sat引入了一个新的SCArrayAssay类（派生自Seurat Assay），该类基于GDS-specific DelayedMatrix包装原始计数、规范化表达式和缩放数据矩阵。它旨在与Seurat包无缝集成，以在基于SeuratObject的工作流中提供通用数据分析。与Seurat相比，SCArray.sat在不进行降采样的情况下显著减少了内存使用量，并且可以应用于非常大的数据集。
作者：郑秀文[aut，cre]
，Seurat贡献者[ctb]（用于Seurat中定义的类和方法）
维护人员：郑秀文<abbvie.com>上的郑秀文
引文（从R中输入引文（“SCArray.sat”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“SCArray.sat”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“SCArray.sat”）
细节
| 生物视图 |
数据导入,数据表示,RNA序列,单个单元格,软件 |
| 版本 |
1.4.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.17（R-4.3）（1.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
方法，SCArray公司(>= 1.7.13),修饰符对象(>= 5.0),修拉(>= 5.0) |
| 进口 |
S4载体，实用程序，统计信息，生物遗传学,生物并行,gdsfmt公司,DelayedArray（延迟阵列）,BiocSingular公司,总结性实验,矩阵 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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| 错误报告 |
https://github.com/AbbVie-ComputationalGenomics/SCArray/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
