反应omePA
反应体途径分析
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包提供基于REACTOME通路数据库的通路分析功能。它实现了富集分析、基因集富集分析和若干可视化功能。此软件包不属于Reactome团队。
作者：余光创[aut，cre]，弗拉迪斯拉夫·佩特尤克[ctb]
维护人员：Guanghuang Yu（广创语）
引文（从R中输入引文（“ReactomePA”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ReactomePA”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“ReactomePA”）
细节
| 生物视图 |
注释,GeneSet扩展,多重比较,路径,反应途径,软件,可视化 |
| 版本 |
1.48.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术2.10（R-2.15）（12.5年） |
| 许可证 |
GPL-2型 |
| 取决于 |
R（>=3.4.0） |
| 进口 |
注释Dbi,剂量(>= 3.5.1),浓缩图,ggplot2(>= 3.3.5),gggraph图,反应.db,记录仪,石墨,格森 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/ |
| 错误报告 |
https://github.com/GuangchuangYu/RectomePA/问题 |
查看更多
| 建议 |
仿生风格,clusterProfiler（群集探查器）,针织物,rmarkdown公司,组织Hs.eg.db,美女医生,测试那个 |
| 链接到 |
|
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
maEnd到End |
| 导入我 |
生物癌,gINTomics公司,miRSM公司,miR海绵,Pigengene公司,scTensor公司,ExpHunter套件 |
| 建议我 |
CBN图,ChIP寻求者,CINdex公司,可乐,格迪,GRaNIE公司,scGPS |
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
