河流
RIVER的R程序包（RNA-Informed Variation Effect on Regulation）
生物导体版本：释放（3.19）
一种概率建模框架的实现，该框架联合分析个人基因组和转录组数据，以估计变异对该个人产生监管影响的概率。它基于一个生成模型，该模型假设基因组注释，例如变体相对于调控元件的位置，决定了变体是功能调控变体的先前概率，这是一个未观察到的变量。然后，功能调节变异状态会影响邻近基因是否可能在该人中显示异常水平的基因表达。有关更多信息、文档和示例，请参阅RIVER网站。
作者：金云吉尔[aut，cre]，亚历克西斯战役[aut]
维护人员：金云吉尔（Yungil Kim）<ipw012 at gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“RIVER”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
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细节
| 生物视图 |
贝叶斯主义者,生物医学信息学,群集,功能基因组学,功能预测,基因表达式,基因调控,遗传变异性,遗传学,基因组变异,回归,SNP公司,软件,系统生物学,转录,转录体变体,转录组学 |
| 版本 |
1.28.0 |
| 在生物导体中 |
生物碳3.5（R-3.4）（7.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=3.2.2） |
| 进口 |
格尔姆奈特,pROC公司,ggplot2，图形，统计，博科生物、方法、实用程序 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/ipw012/河流 |
| 错误报告 |
https://github.com/ipw012/RIVER/问题 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
