RCy3号机组

访问和控制细胞景观的功能


生物导体版本:释放(3.19)

使用Cytoscape via R对网络进行虚拟化、分析和探索。使用Cytoscape的图形用户界面可以做任何事情,现在只需一个RCy3函数即可。

作者:亚历克斯·皮科、Tanja Muetze[aut]、Paul Shannon[aut'、Ruth Isserlin[ctb]、Shraddha Pai[ctb]、Julia Gustavsen[ctb]Georgi Kolishovski[ctb]Yihang Xin[ctb〕

维护人员:亚历克斯·皮科(Alex Pico)<Alex.Pico at gladstone.ucsf.edu>

引文(从R中输入引文(“RCy3”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“RCy3”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“RCy3”)
01.RCy3~25分钟概述 HTML格式 R脚本
02.细胞图像和记录仪~5分钟 HTML格式 R脚本
03.Cytoscape和graphNEL~5分钟 HTML格式 R脚本
04.导入数据~5分钟 HTML格式 R脚本
05.网络功能和可视化~15分钟 HTML格式 R脚本
06.癌症网络和数据~40分钟 HTML格式 R脚本
07.标识符映射~20分钟 HTML格式 R脚本
08.升级现有脚本~ 15分钟 HTML格式 R脚本
09.Cytoscape和NDEx ~ 20分钟 HTML格式 R脚本
10.组节点~15分钟 HTML格式 R脚本
11.自定义图形和标签约10分钟 HTML格式 R脚本
12.过滤网络~10分钟 HTML格式 R脚本
13.系统发育树~3 min HTML格式 R脚本
14.Jupyter桥和RCy3~10分钟 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 图形和网络,网络,软件,第三方客户端,可视化
版本 2.24.0
在生物导体中 生物技术3.2(R-3.2)(9年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于
进口 高温气冷堆、方法、,罗马尼亚,XML格式,实用程序,生物遗传学,统计,图表,英尺,乌伊德,斯特林吉,,RCurl(RCurl),base64url,base64enc标准,IR内核,IR显示器,R彩色啤酒,gplots(gplots)
系统要求 细胞景观(>=3.7.1),CyREST(>=3.8.0)
统一资源定位地址 https://github.com/cytoscape/RCy3
错误报告 https://github.com/cytscape/RCy3/issues网站
查看更多
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取决于我
导入我 类别比较,CeTF公司,enrichViewNet,fedup公司,隐喻,莫加蒙,NCI图表,网络缩放,regutools公司,跨组学细胞景观,树状网络,利利科伊,netgsa公司,脚本映射R
建议我 石墨,净Dx,rScudo公司,锋利的
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 RCy3_2.24.0.tar.gz号
Windows二进制 RCy3_2.24.0.zip码
macOS二进制(x86_64) RCy3_2.24.0.tgz号
macOS二进制(arm64) 钢筋混凝土3_2.24.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCy3
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/RCy3
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/RCy3网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/RCy3/
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