ProteoMM公司

基于多数据集模型的差异表达蛋白质组学分析平台

生物导体版本：释放（3.19）

ProteoMM是一种统计方法，用于对单个或多个数据集进行基于模型的肽水平差异表达分析。对于多个数据集，ProteoMM在多个数据集中为每个蛋白质产生一个单倍变化和p值。ProteoMM提供了归一化、缺失值插补和差异表达的功能。软件包中基于模型的肽水平插补和差异表达分析组件遵循“自下而上基于MS的蛋白质组学中蛋白质定量的统计框架”（Karpievitch等人，生物信息学2009）中所述的分析。特征MS归一化按照“使用奇异值分解对自下而上基于MS的蛋白质组学中的峰值强度进行归一化。”（Karpievitch等人，《生物信息学》，2009年）。

作者：尤利亚·五·卡皮耶维奇（Yuliya V Karpievitch）、蒂姆·斯图亚特（Tim Stuart）和苏菲亚·穆罕默德（Sufyaan Mohamed）

维护人员：尤利娅五世（Yuliya V Karpievitch）<Yuliya.k at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“ProteoMM”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ProteoMM”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“ProteoMM”）

基于多数据集模型的差异表达蛋白质组学平台	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	差异表达式,免疫肿瘤学,质谱学,规范化,蛋白质组学,软件
版本	1.22.0
在生物导体中	生物技术3.8（R-3.5）（6年）
许可证	麻省理工学院
取决于	R（>=3.5）
进口	格达塔,生物电阻,ggplot2,gg排斥,gtools公司，统计，矩阵统计，图形
系统要求
统一资源定位地址

建议	仿生风格,针织物,rmarkdown公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我	mi4p（百万像素）
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	蛋白质MM_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	ProteoMM_1.22.0.zip系列（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	蛋白质MM_1.22.0.tgz
macOS二进制（arm64）	蛋白质MM_1.22.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ProteoMM
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：软件包/ProteoMM
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ProteoMM网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/ProteoMM网站/
软件包下载报告	下载统计信息