PoD呼叫
阳性液滴需要DNA甲基化液滴数字PCR
生物导体版本:释放(3.19)
读取从“QX Manager或QuantaSoft”导出的文件,其中包含运行ddPCR(96孔板)时的振幅值,并稳健设置阈值,以确定每个井的每个通道的正液滴。然后计算每个井的浓度和归一化浓度以及其他指标。结果以表格的形式返回,可以选择写入文件,也可以选择每个写入文件的通道的绘图(散点图和直方图)。该软件包包括一个闪亮的应用程序,为PoDCall的全部功能提供了一个交互式和用户友好的界面。
作者:Hans Petter Brodal[aut,cre],Marine Jeanmougin[aut],Guro Elisabeth Lind[aut]
维护人员:Hans Petter Brodal<Hans.Petter.Brodal在rr研究.no>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“PoDCall”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“PoDCall”)
细节
生物视图 |
分类,CpGIsland公司,脱氧核糖核酸甲基化,差异甲基化,表观遗传学,软件,ddPCR |
版本 |
1.12.0 |
在生物导体中 |
生物C 3.13(R-4.1)(3.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.4) |
进口 |
ggplot2,额外网格,麦克卢斯特,浸入试验,rlist公司,闪亮的,DT公司,Laplaces恶魔,呜呜声,闪亮的牛仔裤,阅读器、grDevices、stats、utils |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。