分子实验

空间转录组学数据分子级存储的优先级


生物导体版本:释放(3.19)

MoleculeExperiment包含创建和使用新MoleculeLaberiment类中的对象的函数。我们引入这一类用于分析基于分子的空间转录组学数据(例如,Xenium by 10X,Cosmx SMI by Nanostring,Merscope by Vizgen)。这使得研究人员能够在分子水平上分析空间转录组学数据,并在供应商之间建立标准化的数据格式。

作者:Bárbara Zita Peters Couto[aut]、Nicholas Robertson[aut]、Ellis Patrick[aut'、Shila Ghazanfar[aut,cre]

维护人员:希拉·加扎法尔(Shila Ghazanfar)<shazanfar at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“分子实验”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“分子实验”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

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浏览幻影(“分子实验”)
分子实验导论 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 数据导入,数据表示,基础设施,软件,空间,转录组学
版本 1.4.1
在生物导体中 生物柴油3.17(R-4.3)(1.5年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=2.10)
进口 空间实验,矩阵,呜呜声,数据表,数字播放器(>= 1.1.1),马格里特,罗杰森,实用程序,方法,特拉,ggplot2,爱尔兰航空公司,克莱,EB图像,rhdf5型,生物并行,S4载体,统计信息
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/SydneyBioX/分子实验
错误报告 https://github.com/SydneyBioX/分子实验/问题
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程序包档案

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源程序包 分子实验_1.4.1.tar.gz
Windows二进制 分子实验_1.4.1.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 分子实验_1.4.1.tgz
macOS二进制(arm64) 分子实验_1.4.1.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MoleculeExperiment(https://git.bioconductor.org/packages/MoleculeExperiment)
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/分子实验
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/分子实验/
包短Url https://bioconductor.org/packages/Molecule实验/
软件包下载报告 下载统计信息
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