元数据库注释

代谢组学数据注释实用程序


生物导体版本:释放(3.19)

高级功能,用于帮助注释(代谢组学)数据集。这些功能包括基于质量匹配执行简单的初步注释的功能,也包括考虑m/z和保留时间的功能,以注释LC-MS特征,前提是各参考值可用。此外,该功能还提供高级功能,以简化LC-MS/MS光谱与光谱库和对象的匹配,以及表示和管理此类匹配数据的功能。

作者:迈克尔·威廷,约翰内斯·雷纳[aut,cre],安德烈·维奇尼[aut],卡罗琳·胡贝尔,菲律宾路易[aut],尼尔·沙沙夫[ctb]

维护人员:约翰内斯·雷纳(Johannes Rainer)。欧洲大学的Rainer

引文(从R中输入引文(“MetaboAnnotation”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“MetaboAnnotation”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“MetaboAnnotation”)
基于MS的代谢组学数据注释 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 基础设施,质谱学,代谢组学,软件
版本 1.8.1
在生物导体中 生物C 3.15(R-4.2)(2.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.0)
进口 生物遗传学,MsCoreUtils(MsCore实用程序),MetaboCoreUtils(元核心实用程序),ProtGenerics公司、方法、,S4载体,光谱(>= 1.13.2),生物并行,总结性实验,Q功能,批注中心、图形、,复合Db
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/RforMassSpectrometry/MetaboAnnotation网站
错误报告 https://github.com/RforMassSpectrometry/MetaboAnnotation/issues网站
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建议 测试那个,针织物,msdata(msdata),仿生风格,rmarkdown公司,巧妙地,闪亮的,闪亮的牛仔裤,DT公司,微基准,毫兹罗
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增强功能 RMariaDB数据库,RSQ网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 元注释_1.8.1.tar.gz
Windows二进制 MetaboAnnotation_1.8.1.zip
macOS二进制(x86_64) 元注释_1.8.1.tgz
macOS二进制(arm64) 元注释_1.8.1.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetaboAnnotation网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/MetaboAnnotation
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MetaboAnnotation网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/MetaboAnnotation网站/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包 源存档