矩阵QCvis
基于Shiny的交互式组学数据质量探索
生物导体版本：释放（3.19）
数据质量评估是准备数据分析的一个组成部分，以确保良好的生物信息检索。我们在这里展示了MatrixQCvis软件包，它提供了每个样本和每个特征级别的数据质量指标的基于闪亮的交互式可视化。它广泛适用于类似矩阵格式的定量组学数据类型（特征x样本）。它可以检测数据集中的低质量样本、漂移、异常值和批处理效应。可视化包括（计数/强度）值的条形图和小提琴图、平均值与标准偏差图、MA图、经验累积分布函数（ECDF）图、样本之间距离的可视化以及多种类型的降维图。此外，MatrixQCvis允许基于limma（调节t检验）和proDA（Wald检验）包进行差异表达分析。MatrixQCvis建立在流行的Bioconductor SummarizedExperiment S4类的基础上，因此能够轻松集成到现有工作流中。该软件包特别适合代谢组学和蛋白质组学质谱数据，还允许评估可在SummarizedExperiment对象中表示的其他数据类型的数据质量。
作者：托马斯·纳克
，沃尔夫冈·胡贝尔[aut]
维护人员：托马斯·纳克（Thomas Naake）<googlemail.com>
引文（从R中输入引文（“MatrixQCvis”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“MatrixQCvis”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignette（“MatrixQCvis”）
细节
| 生物视图 |
尺寸缩减,图形用户界面,代谢组学,蛋白质组学,质量控制,ShinyApps公司,软件,转录组学,可视化 |
| 版本 |
1.12.0 |
| 在生物导体中 |
生物化学3.13（R-4.1）（3年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
总结性实验(>= 1.20.0),巧妙地(>= 4.9.3),闪亮的(>= 1.6.0) |
| 进口 |
复杂热图(>= 2.7.9),数字播放器(>= 1.0.5),实验中心(>= 2.6.0),ggplot2（>=3.3.3），gr设备（>=4.1.0），Hmisc公司(>= 4.5-0),html小部件(>= 1.5.3),插补(>= 1.65.0),插补LCMD(>= 2.0),利马(>= 3.47.12),MASS（质量）（>=7.3-58.1），方法（>=4.1.0），pca方法(>= 1.83.0),项目开发署(>= 1.5.0),爱尔兰航空公司(>= 0.4.10),rmarkdown公司(>= 2.7),Rtsne公司(>= 0.15),闪亮的仪表板(>= 0.7.1),闪光帮助者(>= 0.3.2),闪耀（shinyjs）（>=2.0.0），统计（>=4.1.0），易怒的(>= 3.1.1),第三年(>= 1.1.3),急性呼吸系统综合征(>= 0.2.7.0),UpSetR（升级程序）(>= 1.4.0),vsn（vsn）(>= 3.59.1) |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
