MAGECK稀释液
集合CRISPR功能性遗传筛查的综合分析管道
生物导体版本：释放（3.19）
CRISPR（簇状规则间隔短回文重复序列）结合核酸酶Cas9（CRISPR/Cas9）筛选是系统评估基因功能的一种很有前景的技术。CRISPR/Cas9屏幕的数据分析是一个关键过程，包括识别屏幕点击并在下游分析中探索这些点击的生物功能。我们之前开发了两种算法，MAGeCK和MAGeCK-VISPR，用于分析各种场景中的CRISPR/Cas9屏幕数据。这两种算法允许用户执行质量控制、读取计数生成和归一化，并计算β得分以评估基因选择性能。在下游分析中，需要进行生物功能分析，以了解这些具有不同筛选目的的已识别基因的生物功能。在这里，我们开发了MAGeCKFlute以支持下游分析。MAGeCKFlute提供了几种策略来消除sgRNA水平读取计数和基因水平β得分中的潜在偏差。该软件包的下游分析包括识别必需、非必需和靶相关基因，并对这些基因进行生物功能类别分析、通路富集分析和蛋白质复合物富集分析。该软件包还以多种方式可视化基因，以帮助用户探索筛查数据。总的来说，MAGeCKFlute能够准确识别关键、非关键和靶向基因及其相关生物功能。这个小插曲解释了软件包的使用，并演示了典型的工作流程。
作者：王彬彬、张武兵、吴飞珍、李伟和X.刘雪莉
维护人员：张武兵（Wubing Zhang）<Watson5bZhang at gmail.com>
引文（从R中输入引文（“MAGeCKFlute”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“MAGeCKFlute”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“MAGeCKFlute”）
细节
| 生物视图 |
CRISPR公司,功能基因组学,GeneSet扩展,基因靶点,KEGG公司,规范化,路径,池式屏幕,质量控制,软件,可视化 |
| 版本 |
2.8.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.7（R-3.5）（6.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=3） |
| 取决于 |
R（>=4.1） |
| 进口 |
博科生物,额外网格,ggplot2,gg排斥，gr设备，网格，重塑2，统计数据，实用程序，剂量,clusterProfiler（群集探查器）,路径视图,浓缩图,msigdbr公司,depmap（深度映射） |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
