林诺姆
线性模型和基于正态性的归一化和转换方法(Linnorm)
生物导体版本:释放(3.19)
Linnorm是一种用于规范化和转换RNA-seq、单细胞RNA-seque、ChIP-seq计数数据或任何大规模计数数据的算法。Tian等人对自然方法进行了独立审查(https://doi.org/10.1038/s41592-019-0425-8). Linnorm可以处理原始计数、CPM、RPKM、FPKM和TPM。
作者:顺行业<sunyip at bu.edu>
维护人员:顺行业<sunyip at bu.edu>
安装
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如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“Linnorm”)
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文档
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细节
生物视图 |
BatchEffect(批次效果),ChIPSeq公司,群集,差异表达式,基因表达式,遗传学,免疫肿瘤学,网络,规范化,峰值检测,RNA序列,排序,单个单元格,软件,转录 |
版本 |
2.28.0 |
在生物导体中 |
生物多样性3.3(R-3.3)(8.5年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.1.0) |
进口 |
卢比(>= 0.12.2),RcppArmadillo公司(>= 0.8.100.1.0),fpc公司,素食主义者,麦克卢斯特,ap集群,ggplot2,椭圆,利马,实用程序,随机反演,MASS(质量),记录仪,gr设备,图形,快速群集,ggdendro公司,动物园,统计,阿玛普,Rtsne公司,g模型 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://doi.org/10.1093/nar/gkx828 |
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程序包档案
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