林诺姆

线性模型和基于正态性的归一化和转换方法(Linnorm)


生物导体版本:释放(3.19)

Linnorm是一种用于规范化和转换RNA-seq、单细胞RNA-seque、ChIP-seq计数数据或任何大规模计数数据的算法。Tian等人对自然方法进行了独立审查(https://doi.org/10.1038/s41592-019-0425-8). Linnorm可以处理原始计数、CPM、RPKM、FPKM和TPM。

作者:顺行业<sunyip at bu.edu>

维护人员:顺行业<sunyip at bu.edu>

引文(从R中输入引文(“Linnorm”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“Linnorm”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

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浏览Vignette(“林诺姆”)
Linnorm用户手册 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 BatchEffect(批次效果),ChIPSeq公司,群集,差异表达式,基因表达式,遗传学,免疫肿瘤学,网络,规范化,峰值检测,RNA序列,排序,单个单元格,软件,转录
版本 2.28.0
在生物导体中 生物多样性3.3(R-3.3)(8.5年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=4.1.0)
进口 卢比(>= 0.12.2),RcppArmadillo公司(>= 0.8.100.1.0),fpc公司,素食主义者,麦克卢斯特,ap集群,ggplot2,椭圆,利马,实用程序,随机反演,MASS(质量),记录仪,gr设备,图形,快速群集,ggdendro公司,动物园,统计,阿玛普,Rtsne公司,g模型
系统要求
统一资源定位地址 https://doi.org/10.1093/nar/gkx828
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程序包档案

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源程序包 林诺尔_2.28.0.tar.gz
Windows二进制 Linnorm_2.28.0.zip线
macOS二进制(x86_64) 线性_2.28.0.tgz
macOS二进制(arm64) 线性_2.28.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Linnorm网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/Linnorm
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/Linnorm网址/
包短Url https://bioconductor.org/packages/Linnorm网站/
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