洛拉

基因组范围富集的位点重叠分析


生物导体版本:释放(3.19)

提供用于测试基因组区域集与公共和自定义区域集(基因组范围)数据库的重叠的功能。这使得对基因组区域集进行自动化富集分析成为可能,从而促进功能基因组学和表观基因组学数据的解释。

作者:内森·谢菲尔德<http://www.databio.org>[aut,cre],克里斯托夫·博克[ctb]

维护人员:内森·谢菲尔德(Nathan Sheffield)<Nathan at code.databio.org>

引文(从R中输入引文(“LOLA”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“LOLA”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“LOLA”)
1.LOLA入门 HTML格式 R脚本
2.使用LOLA核心 HTML格式 R脚本
3.选择宇宙 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 ChIPSeq公司,功能基因组学,基因调控,GeneSet扩展,基因组注释,甲基Seq,排序,软件,系统生物学
版本 1.34.0
在生物导体中 生物技术3.2(R-3.2)(9年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=3.5.0)
进口 生物遗传学,S4载体,I范围,基因组范围,数据表,重塑2,utils,stats,方法
系统要求
统一资源定位地址 http://code.databio.org/LOLA网站
错误报告 http://github.com/nsheff/LOLA
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增强功能 简单缓存,q值,ggplot2
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 LOLA_1.34.0.tar.gz号
Windows二进制 LOLA_1.34.0.zip拉链(仅64位)
macOS二进制(x86_64) LOLA_1.34.0.tgz
macOS二进制(arm64) LOLA_1.34.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LOLA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/LOLA
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/LOLA网站/
包短Url https://bioductor.org/packages/LOLA/
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