InterCellar公司

InterCellar:一款R-Shiny应用程序,用于单细胞转录组学中细胞间通信的互动分析和探索


生物导体版本:释放(3.19)

InterCellar是一个R/Bioconductor软件包,包含一个Shiny应用程序,允许用户从scRNA-seq数据中交互式分析细胞间通信。InterCellar从预计算的配体-受体相互作用开始,提供过滤选项、注释和多种可视化,以探索簇、基因和功能。最后,基于基因本体和通路数据库的功能注释,InterCellar实现了数据驱动分析,以研究一种或多种条件下的细胞间通信。

作者:玛尔塔·英特兰迪[cre,aut]

维护人员:Marta Interlandi<Marta.interlandi01 at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“InterCellar”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“InterCellar”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“InterCellar”)
InterCellar用户指南 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 GO(开始),单个单元格,软件,转录组学,可视化
版本 2.10.0
在生物导体中 生物C 3.13(R-4.1)(3.5年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=4.1)
进口 配置,傀儡,闪亮的,DT公司,闪亮的仪表板,shiny文件,小贩,数据表,英尺,数字播放器,第三年,绕圈子,颜色选择器,右旋糖,事实附加,ggplot2,巧妙地,普利尔,闪亮的反馈,西尼亚勒特,易怒的,乌玛,visNetwork(可视网络),字云2,读xl,html小部件,色彩空间,信号,规模,html工具,复杂热图、grDevices、stats、tools、utils、,生物电阻,爱尔兰航空公司,fmsb公司,记录仪
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/martinit/InterCellar网站
错误报告 https://github.com/martaint/InterCellar/问题
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 隔间_2.10.0.tar.gz
Windows二进制 隔间_2.10.0.zip
macOS二进制(x86_64) 隔间_2.10.0.tgz
macOS二进制(arm64) 隔间_2.10.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InterCellar网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/InterCellar
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/InterCellar网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/InterCellar公司/
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