InterCellar公司
InterCellar:一款R-Shiny应用程序,用于单细胞转录组学中细胞间通信的互动分析和探索
生物导体版本:释放(3.19)
InterCellar是一个R/Bioconductor软件包,包含一个Shiny应用程序,允许用户从scRNA-seq数据中交互式分析细胞间通信。InterCellar从预计算的配体-受体相互作用开始,提供过滤选项、注释和多种可视化,以探索簇、基因和功能。最后,基于基因本体和通路数据库的功能注释,InterCellar实现了数据驱动分析,以研究一种或多种条件下的细胞间通信。
作者:玛尔塔·英特兰迪[cre,aut]
维护人员:Marta Interlandi<Marta.interlandi01 at gmail.com>
引文(从R中输入引文(“InterCellar”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“InterCellar”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“InterCellar”)
细节
生物视图 |
GO(开始),单个单元格,软件,转录组学,可视化 |
版本 |
2.10.0 |
在生物导体中 |
生物C 3.13(R-4.1)(3.5年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.1) |
进口 |
配置,傀儡,闪亮的,DT公司,闪亮的仪表板,shiny文件,小贩,数据表,英尺,数字播放器,第三年,绕圈子,颜色选择器,右旋糖,事实附加,ggplot2,巧妙地,普利尔,闪亮的反馈,西尼亚勒特,易怒的,乌玛,visNetwork(可视网络),字云2,读xl,html小部件,色彩空间,信号,规模,html工具,复杂热图、grDevices、stats、tools、utils、,生物电阻,爱尔兰航空公司,fmsb公司,记录仪 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/martinit/InterCellar网站 |
错误报告 |
https://github.com/martaint/InterCellar/问题 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。