IntOMICS公司
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综合分析多组学数据以推断监管网络
生物导体版本：释放（3.19）
IntOMICSr是一种基于贝叶斯网络的高效集成框架。IntOMICSr系统分析基因表达（GE）、DNA甲基化（METH）、拷贝数变异（CNV）和生物先验知识（B）以推断调控网络。IntOMICSr通过所谓的经验生物知识（empB）补充了缺失的生物先验知识，该知识是根据现有的实验数据估算得出的。自动调整的MCMC算法（Yang和Rosenthal，2017）估计模型参数和经验生物知识。带有附加马尔可夫覆盖重采样（MBR）步骤的传统MCMC算法（Su和Borsuk，2016）推断出由三种类型的节点组成的调控网络结构：GE节点表示基因表达水平，CNV节点表示相关拷贝数变化，METH节点表示相关DNA甲基化探针。
作者：帕金科娃·安娜[cre，aut]
维护人员：帕辛科娃·安娜（Pacinkova Anna）<ana.Pacinkova at gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“IntOMICS”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
细节
| 生物视图 |
贝叶斯主义者,副本编号变化,DNA甲基化,基因表达式,基因调控,网络,软件,系统生物学 |
| 版本 |
1.4.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.17（R-4.3）（1.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
|
| 进口 |
bn学习,bnstruct结构,矩阵统计,R彩色啤酒,最佳规格化,记录仪,gplot公司，stats，utils，图形，数字,总结性实验,ggplot2,gggraph图、方法、，奶牛场，网格，爱尔兰航空公司 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/anna-pacinkova/IntOMICSr |
| 错误报告 |
https://github.com/anna-pacinkova/IntOMICSr/issues网站 |
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程序包档案
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