IgGene使用
免疫储备中的差异基因使用
生物导体版本:释放(3.19)
检测免疫球蛋白(Ig)基因使用中的偏差是免疫储备谱分析中的一项重要任务。IgGeneUsage使用概率模型检测生物条件之间异常的Ig基因使用,该模型通过贝叶斯推断进行计算分析。使用此IgGeneUsage还可以避免与当前空假设显著性测试实践相关的一些常见问题。
作者:西蒙·基塔诺夫斯基[aut,cre]
维护人员:西蒙·基塔诺夫斯基(Simo Kitanovski)
引文(从R中输入引文(“IgGeneUsage”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“IgGeneUsage”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“IgGeneUsage”)
细节
生物视图 |
贝叶斯主义者,生物医学信息学,差异表达式,遗传学,免疫肿瘤学,数学生物学,回归,软件 |
版本 |
1.18.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.10(R-3.6)(5年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.2.0) |
进口 |
方法,重塑2(>= 1.4.3),卢比(>= 0.12.0),Rcpp并行(>= 5.0.1),rstan公司(>= 2.18.1),甾醇(>= 2.2.0),总结性实验,三年 |
系统要求 |
GNU品牌 |
统一资源定位地址 |
https://github.com/snaketron/IgGeneUsage网站 |
错误报告 |
https://github.com/snaketron/IgGeneUsage/issues |
查看更多
建议 |
仿生风格,针织物,rmarkdown公司,测试那个(>= 2.1.0),ggplot2,gg力,gg排斥,拼凑 |
链接到 |
伯克希尔哈撒韦(>= 1.66.0),卢比(>= 0.12.0),RcppEigen基因(>= 0.3.3.3.0),Rcpp并行(>= 5.0.1),rstan公司(>= 2.18.1),StanHeaders公司(>= 2.18.0) |
增强功能 |
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取决于我 |
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程序包档案
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