HiCDOC公司
A/B隔间检测和差异分析
生物导体版本：释放（3.19）
HiCDOC对染色体内Hi-C矩阵进行标准化，使用无监督学习从多个重复中预测A/B分室，并检测实验条件之间的显著分室变化。它提供了一组组装到管道中的函数，用于过滤和规范化数据，预测隔室并可视化结果。它可以接受多种类型的数据：tabular`.tsv`文件、Cooler`.cool`或`.mcool`文件、Juicer`.hic`文件或hic-Pro`.matrix`和`.bed`文件。
作者：Kurylo Cyril[aut]、Zytnicki Matthias[aut'、Foissac Sylvain[aut]、MaignéElise[aut，cre]
维护人员：Maignéelise<elise.maigne at inrae.fr>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“HiCDOC”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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细节
| 生物视图 |
群集,DNA3D结构,HiC公司,规范化,排序,软件 |
| 版本 |
1.6.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.16（R-4.2）（2年） |
| 许可证 |
LGPL-3型 |
| 取决于 |
交互集,基因组范围,总结性实验，R（>=4.1.0） |
| 进口 |
方法，zlibbico公司,ggplot2,卢比（>=0.12.8），统计，S4载体,gtools公司,pbapply（应用程序）,生物并行,生物遗传学，网格，奶牛场,额外网格,数据表,多HiC比较,基因组信息Db |
| 系统要求 |
C++11 |
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/mzytnicki/HiCDOC网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/mzytnicki/HiCDOC/问题 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
