哈曼

使用PCA和基于约束优化的技术从数据集中去除批量效应

生物导体版本：释放（3.19）

Harman是一种基于PCA和约束优化的技术，它最大限度地从数据集中去除批量效应，限制条件是过度校正的概率（即去除真实生物信号和批量噪声）保持在最终用户设定的分数。

作者：Yalchin Oytam[aut]、Josh Bowden[aut]、Jason Ross[aut，cre]

维护人员：Jason Ross<csiro.au的Jason.Ross>

引文（从R中输入引文（“Harman”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“Harman”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“Harman”）

生物视图	BatchEffect（批次效果）,脱氧核糖核酸甲基化,微阵列,多重比较,规范化,预处理,主要组件,软件,统计方法,转录
版本	1.32.0
在生物导体中	生物多样性3.3（R-3.3）（8.5年）
许可证	GPL-3+文件许可证
取决于	R（>=3.6）
进口	卢比（>=0.11.2），图形，统计，Ckmeans.1d.dp，并行，方法，矩阵统计
系统要求
统一资源定位地址	http://www.bioinformatics.csiro.au/harman/

建议	哈曼数据,生物遗传学,仿生风格,针织物,rmarkdown公司,RUnit（运行单位）,R彩色啤酒,膀胱批次,利马,米菲,卢米,msmsEDA公司,艳阳花,minfiData公司,特别行政区
链接到	卢比
增强功能
取决于我
导入我	清理机
建议我	哈曼数据
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	哈曼_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	哈曼_1.32.0.zip
macOS二进制（x86_64）	哈曼_1.32.0.tgz
macOS二进制（arm64）	哈曼_1.32.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Harman
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/Harman
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Harman/
包短Url	https://bioductor.org/packages/Harman/
软件包下载报告	下载统计信息