HIREewas公司

表观基因组关联研究中细胞型特异性CpG危险位点的检测

生物导体版本：释放（3.19）

在表观基因组关联研究中，每个样本的测量信号是来自不同细胞类型的甲基化曲线的混合物。目前的关联检测方法只声称胞嘧啶磷酸鸟嘌呤（CpG）位点是否与表型相关，但不能确定风险CpG位点受表型影响的细胞类型。我们提出了一种可靠的统计方法，HIgh REsolution（HIRE），与现有方法相比，它不仅大大提高了聚合级关联检测的能力，而且能够检测单个细胞类型的风险CpG位点。“HIREewas”R包是在R中实现HIRE模型。

作者：罗向玉（Xiangyu Luo）<xylloo1991，gmail.com>，杨灿（Can Yang）<macyang，ust.hk>，魏颖英（Yingying Wei）<yweicuhk，gmail.com

维护人员：罗翔宇<xyllo1991在gmail.com>

引文（从R中输入引文（“HIREewas”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“HIREewas”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“HIREewas”）

HIREewas公司	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	脱氧核糖核酸甲基化,差异甲基化,特征提取,软件
版本	1.22.0
在生物导体中	生物技术3.8（R-3.5）（6年）
许可证	GPL（>=2）
取决于	R（>=3.5.0）
进口	二次规划优化函数,gplots（gplots），gr设备，统计
系统要求
统一资源定位地址

建议	仿生风格,针织物,生物遗传学
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	HIREewas_1.22.0.tar.gz公司
Windows二进制	HIREewas_1.22.0.zip文件（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	HIREewas_1.22.0.tgz
macOS二进制（arm64）	HIREewas_1.22.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HIREewas网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包装/HIREewas
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HIREewas网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/HIREewas网站/
软件包下载报告	下载统计信息