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用于单细胞集群的FEAture SelcTion（FEAST）

生物导体版本：释放（3.19）

细胞聚类是单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析中最重要和最常用的任务之一。细胞聚类的一个重要步骤是选择基因子集（称为“特征”），然后将其表达模式用于下游聚类。一组好的特征应该包括区分不同细胞类型的特征，并且这些特征集的质量可能会对聚类准确度产生重大影响。FEAST是一个R库，用于在执行scRNA-seq聚类核心之前选择最具代表性的特征。它可以用作SC3、TSCAN、SHARP、SIMLR和Seurat等已发布聚类算法的插件。FEAST算法的核心包括三个步骤：1。共识聚类；2.基因水平的显著性推断；3.优化特征集的验证。

作者：苏基农[aut，cre]，吴浩[aut]

维护人员：Kenong Su<Kenong.Su at emory.edu>

引文（从R中输入引文（“FEAST”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“FEAST”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“FEAST”）

FEAST用户指南	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	群集,特征提取,排序,单个单元格,软件
版本	1.12.0
在生物导体中	生物C 3.13（R-4.1）（3.5年）
许可证	GPL-2型
取决于	R（>=4.1），麦克卢斯特,生物并行,总结性实验
进口	单细胞实验，方法，统计，实用程序，厄尔巴,TSCAN公司,补充条款3,矩阵统计
系统要求
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/suke18/FEAST/issues

建议	rmarkdown公司,修拉,ggpubr公司,针织物,测试那个(>= 3.0.0),仿生风格
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	FEAST_1.12.0.tar.gz（法语）
Windows二进制	FEAST_1.12.0.zip系列
macOS二进制（x86_64）	FEAST_1.12.0.tgz公司
macOS二进制（arm64）	FEAST_1.12.0.tgz公司
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FEAST
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包装/FEAST
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/FEAST/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/FEAST/
软件包下载报告	下载统计信息