DNA融合
利用配对测序鉴定基因融合
生物导体版本：释放（3.19）
DNAfusion可以根据配对测序结果识别EML4-ALK等基因融合。此软件包是使用AVENIO肿瘤分析软件生成的位置重复数据消除BAM文件开发的。这些文件是使用AVENIO ctDNA监测试剂盒和Illumina Nextseq 500测序制作的。这是一种靶向杂交NGS方法，包括ALK特异性但非EML4特异性探针。
作者：克里斯托夫·特里尔·马安森[aut，cre]
、艾玛·罗杰·安徒生（Emma Roger Andersen）[ctb，rev]、梅肯·帕尔姆·乌尔霍（Maiken Parm Ulhoi）[dtc]、彼得·梅尔德加德（Peter Meldgaard）[dtc）]、博·桑达尔·索伦森（Boe Sandahl Sorensen）[rev，fnd]
维护人员：Christoffer Trier Maansson<ctm在clin.au.dk>
引文（从R中输入引文（“DNAfusion”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“DNAfusion”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“DNAfusion”）
细节
| 生物视图 |
基因融合检测,遗传学,排序,软件,目标重排序 |
| 版本 |
1.6.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.16（R-4.2）（2年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.2.0） |
| 进口 |
竹信号,基因组范围,I范围,Rsamtools软件,基因组比对,BiocBaseUtils公司,S4载体,基因组特征,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因,生物遗传学 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/CTrierMaansson/DNA融合 |
| 错误报告 |
https://github.com/CTrierMaansson/DNAfusion/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
