DMRS扫描

不同甲基化区域的检测

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包使用扫描统计和潜在的泊松启发式检测显著的差异甲基化区域（对于定性和定量性状）。扫描统计将取决于窗口大小的序列（每个窗口中的CpG数量）和每个窗口大小的阈值。该阈值可以通过三种不同的方法进行计算：i）使用Siegmund等人（2012）的解决方案进行分析（首选），ii）张（2008）建议的重要抽样，以及iii）数据的完整MCMC建模，在建模每个CpG之间依赖性的多个不同选项之间进行选择。

作者：Christian M Page[aut，cre]，Linda Vos[aut]，Trine B Rounge[ctb，dtc]，Hanne F Harbo[ths]，Bettina K Andreassen[aut]

维护人员：Christian M Page<Page.ntnu at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“DMRScan”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“DMRScan”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“DMRS扫描”）

DMR扫描渐晕	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	排序,软件,技术,全基因组
版本	1.26.0
在生物导体中	生物碳3.5（R-3.4）（7.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=3.6.0）
进口	矩阵,MASS（质量）,Rcpp辊,基因组范围,I范围,基因组信息Db、方法、，mvtnorm公司，统计，并行
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/christpa/DMRS扫描
错误报告	https://github.com/christpa/DMRScan/issues

建议	针织物,rmarkdown公司,仿生风格,生物技术经理
链接到
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生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	DMRS加拿大_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	DMRScan_1.26.0.zip文件（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	DMRScan_1.26.0.tgz
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRS扫描
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/DMRScan
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DMRScan/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/DMRS扫描/
软件包下载报告	下载统计信息