细胞管道
流式细胞仪数据分析管道的自动化和可视化
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包为流式细胞仪数据分析管道的自动化和可视化提供支持。在当前状态下，包的重点是预处理和质量控制部分。该框架基于两个主要的S4类，即CytoPipeline和CytoProcessingStep。管道步骤链接到相应的R函数，这些函数要么在CytoPipeline包中提供，要么从第三方包导出，要么由用户自己编码。需要使用json输入文件或通过使用专用方法逐步创建CytoPipeline对象来集中明确地指定处理步骤。运行管道后，由于文件缓存（正在运行的工具使用BiocFileCache实现），可以检索和可视化所有步骤中获得的结果。该软件包还提供了特定的可视化工具，如管道工作流摘要显示，以及在管道的各个步骤获得的流帧的1D/2D比较图。
作者：菲利普·豪尚普[aut，cre]
，劳伦特·加托[aut]，Dan Lin（林丹）
维护人员：菲利普·豪尚普（Philippe Hauchamps）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“细胞管道”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignets（“细胞管道”）
细节
| 生物视图 |
流式细胞术,免疫肿瘤学,预处理,质量控制,软件,可视化,工作流步骤 |
| 版本 |
1.4.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.17（R-4.3）（1.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.3） |
| 进口 |
方法、stats、utils，用r,爱尔兰航空公司,ggplot2(>= 3.4.1),ggcyto细胞,生物文件缓存,生物并行,flowCore（流动堆芯）,和平QC,流量AI,图表,jsonlite公司,规模 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://uclouvain-cbio.github.io/Cyto管道 |
| 错误报告 |
https://github.com/UCLouvain-CBIO/CytolPipeline/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
