科坦

COexpression表分析


生物导体版本:释放(3.19)

单细胞水平上分析基因对共表达的统计和计算方法。它为单细胞基因相互作用组分析提供了基础。基本思想是研究零UMI计数的分布,而不是关注正计数;这是在广义列联表框架下完成的。COTAN可以有效评估基因对的相关或反相关表达。它提供了与相关性相关的数值指标和相关独立性测试的近似p值。COTAN还可以评估单个基因是否存在差异表达,并使用新定义的全局分化指数对其进行评分。此外,该方法还提供了根据基因与其他基因的共表达模式绘制和聚类基因的方法,有效地帮助了基因相互作用的研究,并成为鉴定细胞身份标记基因的新工具。

作者:加尔弗雷·西尔维亚·朱利亚[aut,cre],莫兰丁·弗朗西斯科[aut],Fantozzi Marco[奥特],彼得罗桑托·马可[aut],普蒂尼·丹尼尔[aut],Priami Corrado[aut],克雷米西·费德里科[aut],Helmer-Citterich Manuela[作者]

维护人员:GalfrèSilvia Giulia<Silvia.galfre at di.unipi.it>

引文(从R中输入引文(“COTAN”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“COTAN”)

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文档

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COTAN V.2指导教程 HTML格式 R脚本
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新闻 文本

细节

生物视图 基因表达式,单个单元格,软件,系统生物学,转录组学
版本 2.4.5
在生物导体中 生物C 3.15(R-4.2)(2.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.2)
进口 统计数据,胶合板,dplyr公司、方法、gr设备、,矩阵,ggplot2,gg排斥,ggthemes主题,图形,并行,平行地,易怒的,三年,BiocSingular公司,PCA工具,平行距离,复杂热图,绕圈子,网格,规模,R彩色啤酒,实用程序,爱尔兰航空公司,快速,字符串,修拉,乌玛,右旋糖,狂热分子,断言,用r
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/seriph78/COTAN网站
错误报告 https://github.com/seriph78/COTAN/问题
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建议 测试那个(>= 3.0.0),原型,拼写,针织物,数据表,g子项fn,R.utils公司,潮韵诗,rmarkdown公司,html小部件,MASS(质量),Rtsne公司,巧妙地,仿生风格,奶牛场,qpdf格式,地理查询,平方英尺,火炬
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程序包档案

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源程序包 商用车_2.4.5.tar.gz
Windows二进制 COTAN_2.4.5.zip面料
macOS二进制(x86_64) 可可_2.4.4.tgz
macOS二进制(arm64) 可可_2.4.4.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/COTAN
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/COTAN
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/COTAN网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/COTAN/
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