绑定SiteFinder
基于iCLIP数据的绑定站点定义
生物导体版本:释放(3.19)
准确了解RNA-结合蛋白(RBP)的结合位点是理解(转录后)调控过程的关键。这里我们提供了一个工作流,描述了如何从iCLIP数据中定义准确的绑定站点。该包提供了绑定站点定义和结果可视化的功能。有关详细信息,请参阅小插曲。
作者:米尔科·布鲁格曼[aut,cre],凯西·扎纳克[aut]
维护人员:米尔科·布鲁格曼(Mirko Brüggemann)
引文(从R中输入引文(“BindingSiteFinder”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“BindingSiteFinder”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“BindingSiteFinder”)
细节
生物视图 |
新闻报道,数据导入,功能基因组学,基因表达式,基因调控,排序,软件 |
版本 |
2.2.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.14(R-4.1)(3年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
基因组范围,R(>=4.2) |
进口 |
三年,易怒的,胶合板,矩阵统计,统计,ggplot2、方法、,无线电跟踪器,S4载体,gg力,基因组信息Db,复杂热图,R彩色啤酒,生命周期,爱尔兰航空公司,对于猫,dplyr公司,基因组特征,I范围,kableExtra(额外),ggdist(ggdist) |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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错误报告 |
https://github.com/ZarnackGroup/BindingSiteFinder/issues |
查看更多
建议 |
测试那个,仿生风格,针织物,rmarkdown公司,基因组比对,规模,Gviz公司,xlsx公司,GGally公司,拼凑,翡翠色,ggplotify(图形化),总结性实验,DESeq2公司,gg点密度,ggrastr公司,灰烬 |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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导入我 |
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建议我 |
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指向我的链接 |
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生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。