BASiCS公司
单细胞测序数据的贝叶斯分析
生物导体版本：释放（3.19）
单细胞mRNA测序可以揭示看似均匀细胞群中基因表达水平的新的细胞间异质性。然而，这些实验容易受到高水平技术噪音的影响，这为识别在研究细胞群中表现出真正异质表达的基因带来了新的挑战。BASiCS（Bayesian Analysis of Single-Cell Sequenting data，单细胞测序数据的贝叶斯分析）是一种集成贝叶斯层次模型，用于在监督实验的背景下对单细胞RNA测序数据集进行统计分析（其中感兴趣的细胞组是预先已知的，例如实验条件或细胞类型）。BASiCS执行内置数据标准化（全局缩放）和技术噪声量化（基于峰值基因）。BASiCS为单个细胞组中的高（或低）可变基因提供了直观的检测标准。此外，BASiCS可以比较两组或多组预先指定的细胞之间的基因表达模式。与传统的差异表达工具不同，BASiCS量化了超出平均值比较的表达变化，也允许研究细胞间异质性的变化。后者可以通过生物过分散参数进行量化，该参数测量了归一化和技术噪声去除后，相对于泊松采样噪声观察到的过度可变性。由于在scRNA-seq数据集中通常观察到强烈的平均值/过分散混淆，BASiCS还测试了剩余过分散的变化，这些变化是由全球平均值/过度分散趋势的残差值定义的。
作者：卡特琳娜·瓦列霍斯[aut，cre]
，尼尔斯·艾琳[aut]，阿兰·奥卡拉汉[aut].西尔维娅·理查森[ctb]，约翰·马里奥尼[ctb]
维护人员：Catalina Vallejos<Catalina.Vallejos at igmm.edac.uk>
安装
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文档
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细节
| 生物视图 |
贝叶斯主义者,细胞生物学,差异表达式,基因表达式,免疫肿瘤学,规范化,RNA序列,排序,单个单元格,软件,转录组学 |
| 版本 |
2.16.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.6（R-3.4）（7年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.2），单细胞实验 |
| 进口 |
博科生物,生物遗传学,尾波,奶牛场,gg额外,ggplot2、图形、grDevices、，MASS（质量）、方法、，卢比(>= 0.11.3),S4载体,尖叫声,舷窗，统计，统计4，总结性实验,病毒属，实用程序，矩阵(>= 1.5.0),矩阵统计,断言,重塑2,生物并行,后面的,己糖 |
| 系统要求 |
C++11语言 |
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/catavalejos/BASiCS |
| 错误报告 |
https://github.com/catavalejos/BASiCS/issues |
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