APL公司
关联图
生物导体版本:释放(3.19)
APL是一个用于计算关联图(AP)的软件包,关联图是一种可视化和分析单细胞转录组数据的方法。APL的主要重点是从输入数据中识别单个细胞簇的基因特征。该软件包执行对应分析(CA),并允许使用关联图识别集群特异性基因。此外,APL计算所有基因的簇特异性得分,从而根据所选感兴趣的细胞簇的特异性对基因进行排序。
作者:克莱门斯·科尔[cre,aut],埃尔兹比亚特·格拉林斯卡[aut]
维护人员:克莱门斯·科尔(Clemens Kohl)
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“APL”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“APL”)
细节
生物视图 |
尺寸缩减,基因表达式,RNA序列,排序,单个单元格,软件,统计方法 |
版本 |
1.8.0 |
在生物导体中 |
生物C 3.15(R-4.2)(2.5年) |
许可证 |
GPL(>=3) |
取决于 |
R(>=4.2) |
进口 |
网状的,gg排斥,ggplot2,维里迪斯利特,巧妙地,修拉,单细胞实验,马格里特,总结性实验,topGO(顶GO),方法,统计,实用程序,组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,爱尔兰航空公司,矩阵 |
系统要求 |
巨蟒、pytorch、numpy |
统一资源定位地址 |
https://vingronlab.github.io/APL网站/ |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。