贝叶斯综合基因组学
第一阶段：由BBSRC资助开发基因组学2002年5月至2007年2月。
软件
- QTL套索R功能
- QTL套索。
- 剖面回归调整混杂因素和不调整混杂因素
- 使用暴露风险概况检查多个风险因素联合影响的软件和文档。
- 蝙蝠侠
- 从核磁共振谱中解卷积共振峰并获得自动估计相应代谢物的浓度。如果处理多个光谱，则可以进行并行处理。
- GUESS公司
- 完全贝叶斯变量选择方法的计算优化C++实现，可在全基因组范围内综合分析单个和多个响应。
- 嵌入式安全子系统++
- 使用进化蒙特卡罗，为单响应和多响应线性回归提供完全贝叶斯变量选择方法的软件和文档。
- 毫米当量
- 使用多映射RNA-seq读取进行快速、可缩放的亚型表达估计的软件和说明。
- MMBGX公司
- 用于全脚本Affymetrix表达式数组的多映射贝叶斯分析的软件和说明。
- 英属维尔京群岛
- MATLAB工具箱用于二进制贝叶斯变量选择（logistic和probit回归），适用于高维数据，包括块MCMC采样器和用于加快采样过程的并行回火算法。
- Blangiardo&Richardson 2007 WinBUGS代码
- Affymetrix芯片中结合不同预处理方法的贝叶斯校准模型
- BGX公司
- 用于计算Affymetrix基因芯片阵列的贝叶斯基因表达测量（BGX）的Bioconductor R包和独立程序。
- BGmix公司
- 差异基因表达贝叶斯层次混合模型的R包（Lewin、Bochkina和Richardson）。此软件包不久将在Bioconductor上提供。在那之前，在这里是源代码（WinZip适用于此文件）。
- CGH混合
- CGH实验中检测拷贝数变化的软件（布罗特和理查森）
- PoGO公司
- 用于在微阵列实验中发现统计上过度代表的基因本体组的软件（Lewin和Grieve）
- BGcom公司
- R包，用于查找2个或多个常见扰动特征列表布兰吉亚多和理查森《统计学》中描述的实验用于在相关实验中合成差异表达特征列表的工具”，基因组生物学，8，R54
- Nmix公司
- 单变量正态混合物的贝叶斯分析程序由MCMC实施Richardson和Green的方法，英国皇家统计学会杂志、B、，59,731-792 (1997).用Fortran和C编写。
- Gmix公司
- 一元正态混合物的贝叶斯分析程序，其中一个组分具有固定平均值和可能的固定方差，用于提交的论文“在多类响应微阵列实验中检测独特基因表达谱的基于模型的方法”，Broöt，P.，Richardson，S.，Lewin，a.，Dalmasso，C.和Magdelenat，H.（2004）。根据单变量正态混合物贝叶斯分析程序（Nmix）开发由MCMC实施Richardson和Green的方法，英国皇家统计学会杂志、B、，59,731-792 (1997).用Fortran和C编写。
- 贝叶斯DE
- 贝叶斯微分表达式的WinBUGS代码。Lewin，A.、Richardson，S.、Marshall，C.、Glazier，A.和Aitman，T.（2005年）在论文“差异基因表达的贝叶斯模型”（生物统计学，出版）中进行了描述。