COD CIF解析器

  1. COD CIF解析器
    1. 用法
    2. 选项
      1. 用法
    3. 数据结构
    4. 进一步阅读

用法

  • Perl语言：

    （$datablocks，$error_count，$error消息）=parse_cif（$file，\%options）；

  • 蟒蛇：

    数据块，error_count，error_messages=解析（文件，选项）

选项

COD CIF解析器用于检测和报告最常见的CIF语法错误。这是使用扩展语法实现的。COD CIF解析器的行为由以下选项控制：

  • 修复错误（_E）。启用所有语法错误更正功能。
  • 修复数据头.忽略第一个数据块之前的杂散CIF值和丢失的值数据_收割台。
  • 修复数据块名称。在数据块名称后将杂散的CIF值附加到数据块名称。
  • fix_duplicate_tags_with_same_values（具有名称值的固定列表标签）。忽略同一数据块中具有相同值的两个或多个数据项。
  • 带有空值的修复重复标记。如果在同一数据块中找到多个数据项，并且该数据项的其余值未知，则使用已知值（而不是“？”或“.”）保留该数据项值。
  • 修复字符串引号。将多个未加引号的值放在非循环数据项后面的引号中。
  • 允许使用字符串.将以方括号（[）开头的未加引号的字符串放在单引号中。
  • 固定ctrlz。删除不属于引号或文本字段的DOS EOF（^Z，Ctrl-Z）字符。
  • 修复_非ascii_符号.使用编码非ASCII符号数字字符引用.
  • 修复丢失闭合双引号。在适当的地方插入缺少的双右引号。
  • 修复丢失关闭单引号。在适当的地方插入缺少的单引号。

还有几个其他选项会影响CIF文件的解析方式：

  • do_not_unload_text（不展开文本）。在不应用文本字段展开算法的情况下分析文件。
  • do_not_unprefix文本。在不应用文本字段取消固定算法的情况下分析文件。
  • 无打印（_P）。返回包含错误消息的数据结构，而不是将其直接输出到标准错误流。

用法

  • cif_filter和其他脚本：通过将CIF解析器选项放在命令行中，可以在CIF_filter和其他一些脚本中使用它们：选项以“--”为前缀，下划线（“_”）替换为破折号（“-”），例如。允许使用字符串成为--allow-uq字符串括号.

  • 分析器API：COD CIF解析器的Perl和Python绑定的中心函数接受两个参数，第一个是文件名，第二个是选项的关联数组。例如：

    • Perl语言：

      parse_cif（$file，{'fix_data_header'=>1}）

    • 蟒蛇：

      解析（文件，{“fixdataheader”：1}）

所有其他选项也同样打开/关闭。

数据结构

解析的CIF文件的数据块存储在关联数组中，键如下：

  • 名称（字符串）：CIF数据块的名称；
  • 标签（数组）：CIF数据块中的数据名称（小写）；
  • 值（关联数组）：键是标签数组，值是包含每个数据项的值的数组；
  • 类型（关联数组）：键是标签数组，值是包含每个数据值的词汇派生数据类型的数组；
  • 精确度（关联数组）：键是标签数组，值是包含每个数据项的标准不确定性的数组；
  • 循环（数组数组）：每个内部数组对应于CIF数据块中的一个循环，并包含循环中存在的数据项列表；
  • 内环（关联数组）：键是标签数组，值对应于外部的索引循环数组。它被用作优化循环相关搜索中的数据项的索引。
  • 到岸价（关联数组）：具有键专业和少数的对应于CIF格式的次要版本和主要版本，当前为1.1或2.0。

简单CIF文件的Perl表示示例

进一步阅读

  • Merkys，A.、Vaitkus，A.、Butkus，J.、Okulič-Kazarinas，M.、Kairys，V.和Graíulis，S.（2016年）。COD:：CIF:：Parser：用于Perl语言的纠错CIF分析器。应用晶体学杂志,49(1), 292–301.https://doi.org/10.107/S1600576715022396