跳到主要内容

标记为[snakemake]的问题

提出问题

Snakemake是一个带有Python风格规范语言的工作流管理系统。

蛇制品
1,789问题
最新的 活动 被收买的 1 未答复
筛选依据
排序依据
标记为
0 投票
0 答案
6 意见

如何调试PyPSA-EUR的脚本？

我想为脚本设置一些VisualStudioCode或PyCharm断点https://github.com/PyPSA/PyPSA-eur/blob/master/scripts/prepare_sector_network.py然后运行并调试它以更好。。。
Stefan的用户头像
斯特凡
  • 11.4万
0 投票
1 回答
15 意见

蛇形制造：如何从一个输入产生多个输出

我正在尝试为地球观测应用程序创建一个蛇形工作流，我必须从S3下载数据。首先，我有一个根据文件中的参数查询所需数据的规则。这个。。。
Nikko的用户头像
日兴（Nikko）
  • 1,530
-1 投票
1 回答
25 意见

在snakemake管道内的shell命令中集成可选参数的最佳实践[已关闭]

我想知道，根据snakemake配置文件中是否给定了参数，运行两个不同的shell命令的最干净的方法是什么。目前我正在使用此设置：规则。。。
怀特霍特的用户头像
怀特霍特
  • 475
0 投票
1 回答
24 意见

有没有一种方法可以使用snakemake根据列表中的顺序生成文件？

#为一对ATAC和RNA序列登录号制作1个library.csv定义read_rna_accession（）：打开（'rna_accessions.txt'）为f:samples=[f.read（）.split（'\n'）中的sample for sample if。。。
user25645294的用户头像
用户25645294
  • 7
0 投票
1 回答
35 意见

使用glob定义snakemake的输入文件

我正在为一些生物信息学分析构建一个蛇形管道，我是这个工具的初学者。最终用户将主要是生物学家，几乎没有IT培训，所以我正在努力做到。。。
怀特霍特的用户头像
怀特霍特
  • 475
0 投票
1 回答
20 意见

fastq-dump.3.1.1错误：在虚拟数据库模块中构造时找不到项-路径“SRRXXXXX.sra”无法作为数据库或表打开

SRR=[“SRR11111111”，“SRR22222222”，“SRR33333333”，“SRR4444444”，“SRR5555555”，“SRR66666666”，...
user25645294的用户头像
用户25645294
  • 7
0 投票
1 回答
23 意见

Snakemake如何将创建的文件移动到同名的新目录

一些代码取自：Snakemake-如何使用文件的每一行作为输入？def read_tissues_output（）：打开（'accessions.txt'）为f:samples=[f.read（）.split（'。。。
user25645294的用户头像
用户25645294
  • 7
-1 投票
1 回答
34 意见

使用反向lookbehind或lookahead的Snakemake通配符约束

我正在构建一个蛇形管道来对齐一些NGS数据，其中一些样本是单端的，另一些是成对的，这需要稍微不同的分析。我的解决方案是宣布。。。
怀特霍特的用户头像
怀特霍特
  • 475
0 投票
1 回答
54 意见

在我的snakemake工作流的试运行期间，python的索引错误

蛇形版本：7.32.4，python版本：3.10.14，linux ubuntu系统我遇到了蛇的问题。考虑到“ShS-DIF4-rep1”应与我的单位中的“FC1”单位匹配。。。
bioinfo_passion的用户头像
生物信息类
  • 11
0 投票
0 答案
24 意见

使用--configfile时将配置包含到snakemake报告中

我想在我的报告HTML文件中包含我的SnakeMake配置。我发现这个SO问题有同样的请求，但在我的用例中，我使用cmdline提供了配置文件。。。
RonaldN的用户头像
罗纳尔多
  • 129
1 投票
1 回答
15 意见

Snakemake在Slurm集群上运行时反复尝试下载Zenodo存储，在本地运行良好

在Slurm集群上使用Snakemake 8.11.6（通过Slurmexecutor插件），我尝试构建以下输入：输入正在克隆的Git存储库，两个不同的tar.gz文件。。。
jundskal的用户头像
朱兹卡尔
  • 23
1 投票
0 答案
28 意见

Snakemake失败，执行器SLURM带有SLURM_persist_conn_open_without_init

问题当我在集群配置文件中使用snakemake并让它运行一整夜时，尝试使用屏幕进程或nohup snakemak超然，我会遇到以下情况。。。
Joshua Mincer的用户头像
约书亚·明瑟
  • 35
1 投票
1 回答
45 意见

如何在Snakemake shell中使用单引号和占位符内的变量

这是我的问题的一个简化规则规则测试：输出：output_tex=展开（“TPA_{region}.tex”，region=[0,1]），外壳："""对于（i=0；i<2；i+。。。
RedQuark的用户头像
红夸克
  • 11
1 投票
0 答案
20 意见

如何使我的Snakemake Snake文件自动生成报告？

我在Snakemake建了一条管道。此管道具有处理数据的规则（例如，创建output.txt的规则）。我希望能够这样运行管道：snakemake--核心1个文件/。。。
Shrutek Mairal的用户头像
史鲁泰克·迈拉尔
  • 11
0 投票
0 答案
11 意见

使用可变数量的LANES和文件名中的可变数量创建管道

#目录路径DATA_DIR=“/home/debian/data1/breast/DATA/wes”REFERENCE_DIR=“/home/debian/data2/genomes/human_GRCh38.p14”REFERENCE_GENOME=os.path.join（REFERECTION_DIR，“。。。
gl00ten的用户头像
gl00ten公司
  • 1,081

15 30 50 每页
1
2 三 4 5
…
120