2.1. ESRF微焦点光束线（ID13）的说明

ID13是一种多功能光束线，为ESRF用户提供强微聚焦（0.3–2.5µm，微分支，EH2）和纳米聚焦（100–500 nm；纳米支，EH3）束。用于产生微束的聚焦光学元件是由56个单透镜组成的Be基复合折射透镜（CRL）。每个透镜的顶点曲率半径为50µm。对于交叉几何形状的纳米光束、硅基线性复合折射透镜（所谓的NFL透镜；Schroer等。, 2005)使用。

在ID13的微支路上，使用平移台（德国米科斯）进行样品定心和定位，在x个/年方向（HPS-170）和总行程范围为160 mm，垂直方向（UPL-160）上的增量步长为100 nm，行程范围为25 mm。在纳米支路中，进行样品定心和扫描通过a P622K075压电陶瓷z（z）级（垂直方向）安装在P622K074压电陶瓷上xy公司阶段。安装在ID13纳米装置上的最小增量运动在垂直方向为10 nm，在两个水平方向为20 nm。压电级的这种布置安装在M-810微型六足动物上。压电级和六足动物由Physik-Instrumente（德国卡尔斯鲁厄PI GmbH）制造。六足和压电级可以分别在约10 mm和250µm的距离上在三个空间维度上平移。

使用ESRF构建的Frelon 4M CCD面积探测器记录衍射数据，该探测器具有2048×2048像素和50µm像素大小（Coan等。, 2006)在2×binning模式下（1024×1024像素和100µm像素大小；～0.35 s读出时间）。在光栅扫描模式下收集数据，即在垂直于入射光束的两个方向上通过焦点平移样品。

2.2. 样品制备和数据收集

正方形(P（P）4_三2₁2） 采用蒸气扩散法（Lomb）生长了鸡蛋白溶菌酶（HEWL）微晶（20×20×20µm）等。, 2011)然后直接用吸管将其滴入Eppendorf管中。轻轻离心300 s（6000转/分⁻¹)把晶体安置在管子的底部。

用移液管将500 nl结晶沉淀物移到500 nm厚的硅上_三N个₄在铺设另一个Si之前对晶圆（框架厚度200µm）_三N个₄以背对背的方式将（相同厚度的）晶圆贴在上面（图1). 硅_三N个₄晶圆来自英国北安普顿的西尔森(https://www.silson.com). 夹心Si_三N个₄在衍射实验中，为了防止晶体向下滑动，背对背的晶片是必不可少的。硅_三N个₄三明治被放置在一个钢垫圈上，用SuperGlue粘在上面，三明治边缘用Araldite树脂密封（图1一). 垫圈被粘在一个小玻璃片上，它自己粘在一根铜针上，铜针被引入一个可调节的磁性晶体支架。可用硅_三N个₄表面为2.5×2.5 mm。为了向X射线束展示，将支架放置在xyz公司平移台（微聚焦光束；ESRF ID13-EH2）或微型六足动物（纳米聚焦光束；ESXF ID13-EH3）。使用微聚焦光束和纳米聚焦光束收集的数据集分别称为“微”和“纳米”。数据采集分为41个扫描步骤（水平、快速扫描）和41个扫描步（垂直、慢速扫描），每个步骤都从晶圆上的远程位置开始。据估计，在水和蛋白质中，1？波长X射线的光电子轨迹长度为～3µm（Cole，1969）). 在同一扫描中，对于微（光束尺寸1.5×2.5µm）和纳米（光束尺寸0.15×0.18µm).

表1 数据收集参数 参数 微型的 纳米技术 光束尺寸（垂直×水平）（FWHM）（µm） 1.5 × 2.5 0.150 × 0.180 光束发散（mrad） 1 0.3 波长（Ω） 0.954 0.832 光束注量（光子−1) 1.00 × 1011 1.70 × 1010 通量密度（光子−1 毫米−2) 2.67 × 1016 6.48 × 1017 亮度（光子−1 毫米−2 磁共振成像−2) 2.67 × 1022 6.09 × 1024 带宽（Ω） <1.00 × 10−4 <1.00 × 10−4 每帧曝光时间（s） 0.2 0.1 每个晶体的剂量†（百万美元） 3.2 29.1 剂量率（MGy s−1) 16 291 †按以下公式计算放射性核素（派哈扎尔等。, 2009).

图1 向X射线束展示样品。(一)黄铜别针和垫圈粘在一块玻璃上。(b)第一硅的凹面三N个4晶片被粘在垫圈上。(c（c）)将500 nl结晶浆液轻轻地沉积在膜上。(d日)第二个Si三N个4硅片夹在第一块上面。(e（电子）)三明治用Araldite树脂密封，以避免材料干燥。按照这一步骤，黄铜销被引入磁性晶体支架。(（f）)台阶的三维渲染(一)–(e（电子）). (克,小时)概述(克)和特写视图(小时)硅中溶菌酶晶体的三N个4三明治。

微数据集和纳米数据集的曝光时间分别为0.2秒和0.1秒/次。这个通量微聚焦和纳米聚焦光束的密度为2.67×10¹⁶和6.48×10¹⁷ 光子⁻¹ 毫米⁻²而每张图像的计算剂量（以及数据集的平均剂量）分别为3.2和29.1 MGy（表1). 微观和纳米数据集包括～41和～84次扫描（69 319和139 985帧），分别对应于～9和20小时的数据采集。数据采集速度受到探测器读出时间的限制。

2.3. 数据整理和处理

无论数据是在XFEL还是SR源中收集的，串行晶体学中的一个主要挑战是命中率查找。此外，必须减去背景散射，以便准确测量衍射强度（Boutet等。, 2012). 然而，必须谨慎地进行数据校正。事实上，在给定的体积内，晶体和溶剂是互斥的，所以要减去的背景量需要按每张纸进行缩放。针对Frelon CCD相机的使用，还必须对原始图像进行畸变校正和平场校正（计量校正）。总之，这些需求促使我们对一个多处理、基于GUI驱动的Python的命中查找器和校准器进行编码，我们将其命名为纳米峰细胞执行操作的流程图纳米峰细胞如图2所示(一)并包括将图像（支持的输入格式包括EDF、SMV、MCCD、CBF、TIFF、HDF5、SACLA-HDF5和LCLS-XTC）转换为合适的格式，以便使用CrystFEL公司（HDF5格式）和/或cctbx.xfel公司（“pickle”格式），以及生成运行所需的参数文件和脚本CrystFEL公司以用户友好的方式（图2b). 值得注意的是，纳米峰细胞不仅选择点击(即具有实际衍射点的帧），但还检查是否存在足够数量的（用户提供的）此类像素以允许进一步索引。为了允许确定串行数据集的有效分辨率极限，纳米峰细胞此外，还可以动态地对选定的点击进行最大投影（参见补充图S1）。最后，纳米峰细胞使用局部最大值算法执行Bragg-peak查找，如果用户选择此输出格式，则将峰值列表输出到HDF5文件的补充数据集中，否则输出到文本文件中。这样可以快速消除空白和低分辨率图像。当使用在CrystFEL公司以及在中实施的纳米峰细胞然而，使用后者可以避免花费时间优化CrystFEL公司因此，在这项工作中，使用纳米峰细胞和峰值位置被输入CrystFEL公司（使用--峰值=hdf5中的选项索引标记模块）用于索引（Kirian等。, 2011; 白色等。, 2012, 2013).纳米峰细胞安装在ESRF ID13微聚焦（ID13-EH2）和纳米聚焦光束线（ID13/EH3）上，可以通过GUI或命令行进行控制，其开发仍在继续。微观和纳米数据集的典型原始和校正图像如图3所示有关的其他详细信息纳米峰细胞其在各种设施（包括ESRF、LCLS和SACLA）的使用将在其他地方发布。

图2 新的纳米峰细胞串行晶体学预分析软件。(一)执行操作的工作流纳米峰细胞. (b)的图形用户界面（GUI）概述纳米峰细胞在左侧，用户可以定义重要的实验参数，以及在命中率查找和峰值查找过程中使用的参数值（红色插图）。在左下角，用户可以选择要执行的更正和保存点击的输出格式（红色插图）。每个点击都显示在中央面板上，布拉格峰周围有黄色圆圈。纳米峰细胞也可以用作数据可视化程序。右侧面板专用于显示调整，并允许以前运行的纳米峰细胞重新装载进行检查。用户还可以使用纳米峰细胞以任何支持的格式查看原始数据。

图3 数据校正和寻找布拉格峰。(一), (b)和(c（c）)显示之前微观数据集的相同衍射图案(一)以及之后(b,c（c）)背景减法。(c（c）)显示了布拉格峰纳米峰细胞在这个衍射图样中。同样(d日), (e（电子）)和(（f）)显示之前纳米数据集的相同衍射图案(d日)以及之后(e（电子）,（f）)背景减法。布拉格峰由纳米峰细胞在中高亮显示(（f）)（黄色圆圈）。

数据处理使用CrystFEL公司（基里安语等。, 2011; 白色等。, 2012, 2013).CrystFEL公司索引依赖于MOSFLM公司（鲍威尔等。, 2013),迪拉克斯（杜森伯格，1992年)和XDS公司（Kabsch，2010年). Bragg-peak积分是在CrystFEL公司，具有五个、七个和九个像素的同心环，分别确定峰值、缓冲区和背景区域。三维强度剖面半径为5×10⁻⁴ Å⁻¹实验测定了微聚焦光束和纳米聚焦光束的发散（表1). 使用蒙特卡罗积分对积分强度进行合并CrystFEL公司（基里安语等。, 2011; 表2).

表2 晶体学的精炼统计学 括号中的值表示最高分辨率外壳。 数据集名称 保守微观 保守型纳米 保守还原纳米 渐进式微型 渐进式纳米 渐进还原纳米 “空间”组 P（P）4三212 单位-细胞参数  一=b(Å) 78.0 ± 0.3 78.0 ± 0.2 78.0 ± 0.2 78.0 ± 0.2 78.0 ± 0.2 78.0 ± 0.2  c（c）(Å) 38.3 ± 0.3 38.5 ± 0.2 38.5 ± 0.2 38.3 ± 0.3 38.5 ± 0.2 38.5 ± 0.2  α=β=γ(°) 90 90 90 90 90 90 收集的图像数量 69319 139985 不适用 69319 139985 不适用 点击次数 6862 58647 不适用 6862 58647 不适用 分辨率（Ω） 50–1.95 (2.05–1.95) 50–1.85 (1.95–1.85) 50–1.95 (2.05–1.95) 50–1.70 (1.78–1.70) 50–1.70 (1.78–1.70) 50–1.70 (1.78–1.70) 索引图像的数量 5966 46516 5966 5966 46516 5966 反射次数 1448031 9069707 1036661 1594657 10710039 1371898 独特反射次数 9091 10640 9132 13543 13608 13606 完整性（%） 100 (100) 100 (100) 100 (100) 100 (100) 100 (100) 100 (100) 平均多重性 159 (70) 852 (644) 114 (86) 115 (18) 787 (430) 101 (61) 〈我/σ(我)〉 4.5 (2.4) 8.4 (2.4) 3.5 (1.5) 3.5 (0.6) 6.8 (0.9) 2.5 (0.3) R（右）分裂半数据集的强度一致性† 0.172 (0.390) 0.064 (0.375) 0.200 (0.586) 0.178 (1.339) 0.066 (1.155) 0.208 (3.352) R（右）合并(我) 0.238 (0.541) 0.090 (0.523) 0.275 (0.800) 0.247 (1.743) 0.093 (1.697) 0.286 (4.643) R（右）合并(F类) 0.146 (0.280) 0.067 (0.221) 0.165 (0.316) 0.163 (0.486) 0.074 (0.387) 0.177 (0.440) 科科斯群岛1/2半数据集的相关性‡ 0.99 (0.94) 0.99 (0.98) 0.98 (0.94) 0.99 (0.66) 0.99 (0.85) 0.99 (0.50) 威尔逊B§(Å2) 32 38 35 34 42 42 R（右）自由的 0.264 0.245 0.261 0.255 0.239 0.264 R（右）工作 0.214 0.230 0.203 0.226 0.204 0.223 R.m.s.与理想值的偏差¶  债券（澳元） 0.006 0.006 0.005 0.006 0.006 0.005  角度（°） 0.872 0.901 0.929 0.864 0.935 0.878 平均B值（Ω2) 39.9 62.3 44 40.8 44.20 45.20 冲撞得分†† 6.31 4.23 3.11 5.34 4.23 5.17 拉马钱德兰阴谋††  最受欢迎 98.5 98.5 97 97.7 98.5 97.8  允许 1.5 1.5 3 2.3 1.5 2.2  不允许的 0 0 0 0 0 0 旋转器异常值†† 0 2.7 2.7 0 1.8 3.5 PDB条目 第4轮第7轮 第4轮第6轮 不适用 4瓦1 4周7 不适用 †如白色定义等。(2012). 如Karplus&Diederichs（2012）所定义). §计算依据截断（French&Wilson，1978）)在中央对手方清算所4（Winn等。, 2011). ¶如Engh&Huber（1991）所定义). ††根据摩尔概率（陈）等。, 2010).

使用保守的〈进行初始数据处理我/σ(我)\9002（>2）和R（右）_分裂（～50%）标准来确定最高分辨率的外壳。根据这些标准，微数据集和纳米数据集的分辨率分别为1.95和1.85º（表2). 这两个数据集及其相应的结构被称为“保守微观”和“保守纳米”。保守数据集的统计数据如表2所示，质量上乘R（右）_分裂，抄送_1/2和威尔逊B因素。补充图S2显示了数据质量指标的趋同，如R（右）_分裂和CC_1/2作为分辨率和图像数量的函数。它表明在两个数据集中CC_1/2分辨率为1.7º时的数值仍远高于Karplus&Diederichs（2012）建议的0.135限值). 在索引图案的最大投影的方位角积分中，也可以看到两个数据集中达到该分辨率的衍射信号的存在（补充图S1）。因此，我们执行了一个更渐进的集成，其中CC_1/2和迭代对精炼（Karplus&Diederichs，2012年)使用了，而不是严格的〈我/σ(我)〉和R（右）_分裂确定高分辨率截止值的标准。这两个1.7°分辨率的数据集及其相应的结构被称为“渐进微”和“渐进纳米”。渐进纳米（或渐进微）数据集和保守纳米（或保守微）数据组之间的唯一区别就是分辨率截止。

为了确定与微观数据集相比，纳米数据集（保守数据集和渐进数据集）的统计数据更好，是图像数量更多还是光束尺寸更小，我们还通过在纳米数据集中随机选择生成了“简化的纳米”数据集，相当于生成微数据集所用的点击次数。因此，使用相同数量的索引模式生成渐进还原纳米和保守还原纳米数据集，这两个数据集仅在分辨率截止点上有所不同。

2.4.结构确定和分析

数据转换为mtz格式并由分阶段分子置换使用相位器（麦考伊等。, 2007)带有PDB条目1ljn公司（Harata和Kenai，2002年)作为起始模型。为了验证我们数据集中包含的结构信息是否允许自动建模，我们尝试使用菲尼克斯汽车使用默认设置（Terwilliger等。, 2008). 这些图谱是用六种不同的溶菌酶模型进行的分子置换试验生成的。前三个模型由来自残基1–127（全蛋白）、1–65（N端半）或66–127的主链和侧链原子组成。其余三个由残基1–127、1–65或66–127的主链原子组成。在所有情况下，重建了约98%的主链和90-98%的侧链（补充表S1）。

通过往复空间和真实空间的迭代循环来细化结构精细化。倒数空间精炼使用菲尼克斯软件套件（Adams等。, 2010)包括精炼坐标和原子位移参数(B因素）。实际空间中的手动修改使用库特（埃姆斯利和考坦，2004年). 无偏精致2毫发_o个−DF公司_c（c）和毫发_o个−DF公司_c（c）电子密度图如图4所示(一)和4(b)用于两个渐进数据集。为了进一步评估这些数据的质量，从模型和交互空间中删除了残基96–116精炼进行了（八个位置循环和B-因子精细化，包括两个模拟退火循环）。在结果2中毫发_o个−DF公司_c（c）从这两个数据集得到的图中，可以在省略的残基周围观察到准完美电子密度（图4c（c）和4d日).

图4 无偏2毫发o个−DF公司c（c）OMIT电子密度图。(一,b)无偏2中Trp108周围电子密度的概述毫发o个−DF公司c（c）OMIT电子密度图（轮廓级别1.2σ)从渐进微观计算(一)和渐进式纳米(b)数据集。(c（c）,d日)无偏2毫发o个−DF公司c（c）电子密度图（轮廓水平1.2σ)从微观上计算(c（c）)和纳米(d日)数据集使用缺乏残基96–116的溶菌酶截断模型作为起始模型。残留物96–116显示为粉色棒，而用于生成地图的残留物显示为带状图。电子密度图显示在(c（c）)和(d日)覆盖残基96-116中的几乎所有原子突出了渐进微观和渐进纳米数据集中包含的结构信息的质量。

我们试图将我们的数据集（保守微观和保守纳米）与之前发布的各种HEWL数据集进行比较，包括（i）在100K（PDB入口）下使用传统振荡方法收集的两个低剂量数据集1伏; S.Aibara、A.Suzuki、A.Kidera、K.Shibata、T.Yamane、L.J.DeLucas和M.Hirose，未出版作品；旋转阳极上收集的数据）或RT（PDB条目3泽克;就地同步加速器束线上的数据采集；平克等。, 2013)，（ii）使用40 fs XFEL脉冲（PDB输入）在真空和RT中收集的SFX数据集4等8; 布泰等。, 2012)和（iii）通过将晶体浆液流过同步辐射X射线束（PDB入口），在RT中收集SSX数据集4到34岁; 斯特拉托等。, 2014). 在下面，这些数据集（PDB条目1伏/秒,3泽克,4等8和4到34岁)分别称为“低剂量100 K”、“低剂量295 K”、‘SFX’和‘Flow-SSX’。数据集使用电子秤从中央对手方清算所4（Winn等。, 2011; 补充图S3和S4）。未加权的R（右）_{国际标准化组织}不同数据集之间的值很高，这表明存在非同构，而单元间参数的编译则指向所有数据集（以及生成的结构）都是同构的。解释这种明显缺乏同构的一个可能假设是，它是由蒙特卡洛积分引入的强度分布误差引起的。因此，正如Schlichting及其同事之前观察到的那样，加权R（右）系数大大降低（布特等。, 2012)尤其是在低分辨率下。然而，加权R（右）由于信噪比估计和缩放中存在多个系统误差，因子可能不是直接比较使用不同方法收集的数据集的最合适的度量。无论如何，与使用Flow-SSX或SFX收集的数据相比，我们的数据往往更符合使用传统方法收集的数据。一种可能的解释是，各种串行数据集的蒙特卡罗积分过程中引入的错误在缩放过程中累积。

结构因子振幅傅里叶差(F类_o个−F类_o个)在结构因素振幅差异为问-加权以改善他们的估计（Colletier等。, 2007).F类_o个−F类_o个数据集之间的映射我和j因此，使用观测到的数据集结构因子振幅进行计算我和j和根据模型计算的相位我,即[量子阱(F类_o个^j−F类_o个^我)]经验（−我φ^j). 为了进行比较，所有F类_o个−F类_o个地图的分辨率为2.1º(即Flow-SSX数据集的分辨率）。这些数字是用PyMOL公司（薛定谔），gnuplot卫星或自制的Python脚本。

3.1. 数据处理

我们使用纳米峰细胞（图2)为了识别撞击，校正计量，减去背景散射并定位布拉格峰（图3). 微型和纳米数据集的命中率分别为9.9%和41.9%(即分别为6862帧和58647帧；表2). 当光栅扫描步长加倍时，两次击中同一晶体的概率降低，部分解释了微数据集获得的大幅降低的命中率。然而，硅中的晶体浓度更有可能_三N个₄用于收集微观数据集的三明治是次优的。

索引和集成使用CrystFEL公司数据处理参数以及串行同步加速器数据处理的细节，详见§2.简单地说，85%和80%纳米峰细胞分别对微观和纳米数据集的点击数进行索引和整合（表2). 只有在减去背景数据的情况下，才能达到如此高的索引率。通过蒙特卡罗积分（Kirian等。, 2011). 对于每个数据集，使用保守（保守微观和保守纳米数据集的分辨率截止值分别为1.95和1.85º）或渐进（渐进微观和渐进纳米数据集为1.7º）标准进行两次积分。

3.2. 结构信息的质量

所有数据集均按阶段划分分子置换（MR）在正方结构中使用HEWL结构空间组（PDB条目1ljn公司)作为起始模型。如图4所示，得到的实验图质量很好用于渐进式微型和渐进式纳米（1.7°分辨率）数据集。为了进一步评估数据集中包含的结构信息的质量，尝试使用不完全启动模型进行MR相位调整。所有的MR试验都取得了成功，即使使用的HEWL原子总数只有20%。得到的实验图质量足够高，可以自动构建约98%的主链原子和90-98%的侧链原子。补充表S1概括了渐进式纳米数据集的这些结果。

从我们的六个数据集（保守、渐进和渐进还原微观和保守、渐进与渐进还原纳米）导出的结构分别进行了细化。保守微观和纳米结构的最终统计数据具有可比性（表2)以及渐进式微纳米结构。为了确定应用于渐进微观和渐进纳米数据集的有效分辨率截止值，我们进行了迭代配对精炼如Karplus&Diederichs（2012）所述). 对于这两个渐进数据集，我们观察到R（右）_自由的分辨率下的值A类当模型被细化时，包括高分辨率的结构信息B这表明，在这两个数据集中，有效的结构信息都存在于保守的分辨率截止值之外（分别为1.95和1.85º；补充图S2）。CC公司_1/2对于渐进式微型和渐进式纳米数据集，最高分辨率外壳（1.78–1.70Ω）中的值分别为0.66和0.85。相应的〈我/σ(我)〉值降至1以下（渐进式微型和渐进式纳米数据集分别为0.64和0.87）R（右）_分裂价值上升到100%以上。为了完整性和一致性，我们在PDB中存放了四个模型（表2)分别对应于微数据集和纳米数据集的渐进式和保守式集成。

3.3. 辐射损伤

已经表明，超过29MGy的限制，在100K下从蛋白质晶体获得的生物信息受到损害（Owen等。, 2006). 在RT条件下，辐射损伤的程度增加了约100倍（Nave&Garman，2005)，表明剂量限制为0.3 MGy。这里，对于微观和纳米数据集，每个衍射图案以及每个数据集的剂量分别为3.2和29.1 MGy。因此，预计会发生强烈的辐射损伤，尤其是在二硫化物桥等高度辐射敏感的部位。因此，我们观察到，在结构因子振幅傅里叶差(F类_o个−F类_o个)我们的数据集和在100 K（低剂量100 K）和RT（低剂量295 K）下收集的低剂量数据集之间计算的映射，强负峰（-4σ)在HEWL的S原子上，尤其是在二硫键上（图5一). 有趣的是，我们观察到二硫键桥Cys64–Cys80在RT时对辐射最敏感，而Cys30–Cys115在100 K时最敏感（Sutton等。, 2013). 然而，具体损害在2中并不明显毫发_o个−DF公司_c（c）和毫发_o个−DF公司_c（c）地图，表明微观和纳米数据集中的二硫键没有断裂（图5b). 研究表明，在X射线损伤后，二硫键桥收缩（Sutton等。, 2013)和/或伸长（卡彭提尔等。, 2010; 魏克等。, 2002)在断裂之前。因此，在我们的结构中，二硫键桥可能被困在其中一个中间阶段。无论如何，图5(b)表明在我们的数据集中，辐射损伤的程度是有限的，因此结构信息尚未受到损害。

图5 在微观和纳米数据集中都观察到特定的辐射损伤，但不会损害结构信息。(一)结构因子振幅傅里叶差(F类o个−F类o个)我们计算了我们的数据集（保守微型和保守纳米）和其他四个HEWL数据集之间的映射：SFX数据集、Flow-SSX数据集和两个收集于100或295的低剂量数据集这些地图显示在溶菌酶的四个二硫键周围，红色和绿色轮廓分别表示负密度和正密度。(b)无偏2毫发o个−DF公司c（c）（蓝色；轮廓级别1.0σ)和毫发o个−DF公司c（c）（红色和绿色；轮廓水平±3σ)地图显示在溶菌酶的四个二硫键周围。

大约高出10倍通量密度与微数据集相比，纳米聚焦光束的辐射损伤可能更高。然而，令人惊讶的是F类_o个^微型的−F类_o个^纳米技术map并没有表明纳米结构中的二硫键受到更强的损伤。相反，它揭示了一个小（−3σ)RT（Cys64–Cys80）最灵敏的二硫键处出现负峰，表明微数据集比纳米数据集受损更严重。因此，这一观察结果的一个可能的理由是，对于纳米数据集的更高剂量率（291 MGy s⁻¹)一个滞后相位延迟特定辐射损伤出现的情况。为了证实或推翻这个假设，还需要进行额外的实验。

我们还努力将我们的数据与其他串行晶体学方法（SFX和Flow-SSX；参见§2） 在相同系统（HEWL）和相同温度（RT）下。表3表明这三种结构在以下方面大致相当R（右）_分裂（SFX、Flow-SSX和保守纳米数据集分别为0.158、0.077和0.064），〈我/σ(我)〉（分别为7.4、8.1和8.4），CC_1/2（SFX数据集未给出；Flow SSX和保守性纳米数据集分别为0.99和0.99），分辨率（分别为1.9、2.1和1.85Å），R（右）_工作（分别为0.196、0.180和0.230）和R（右）_自由的（分别为0.229、0.230和0.245）。然而，剂量和剂量率分别为33 MGy和8.3×10¹⁴ MGy公司⁻¹分别用于SFX数据集（Boutet等。, 2012)以及0.3 MGy和100 MGy⁻¹分别用于Flow-SSX数据集（Stellato等。, 2014). 因此，Flow-SSX数据集在剂量率（100与2.91亿美元⁻¹)但不包括剂量（0.3与291 MGy）。SFX数据集在剂量（33与29.1毫克⁻¹)但不包括剂量率（8.3×10¹⁴ 与2.91亿美元⁻¹). 然而，辐射损伤在两个F类_o个^SFX公司−F类_o个^纳米技术和F类_o个^流量-SSX−F类_o个^纳米技术傅里叶差分图（图5一). 这是预期的结果；XFEL脉冲的短确实允许在辐射损伤发生之前发生衍射，而减少的剂量加上相对较高的剂量率，可以缓解Flow-SSX研究中出现的特定损伤。总之，这三种方法产生的数据质量相当，这表明我们的光栅扫描方法可能是一种有用的替代方法，可以从稀缺的晶体样品中收集系列晶体学数据。我们的数据集比SFX和Flow-SSX的数据集受到的辐射破坏更大，这是公认的，但这似乎并没有显著改变结构信息的质量。

表3 的比较CrystFEL公司使用SFX（Boutet）对从溶菌酶微晶收集的数据进行索引统计等。, 2012)、Flow-SSX（斯特拉托等。, 2014)和光栅扫描SSX（本作品） 括号中的值表示最高分辨率外壳。 实验类型 SFX，40 fs脉冲（Boutet等。, 2012) SFX，5 fs脉冲（Boutet等。, 2012) 流量-SSX（Stellato等。, 2014) 光栅扫描SSX，保守微 光栅扫描SSX，保守型纳米 PDB条目 4等8 4等9 4到34岁 4工作组1 4周7 每个晶体的剂量†（百万美元） 33 2.9 0.3 3.2 29.1 剂量率（MGy s−1) 8.3 × 1014 5.8 × 1014 100 16 291 单位-细胞参数（Ω）  一 79 79 79.5 ± 0.3 78.0 ± 0.3 78.0 ± 0.2  b 79 79 79.4 ± 0.2 78.0 ± 0.3 78.0 ± 0.2  c（c） 38 38 38.4 ± 0.2 38.3 ± 0.3 38.5 ± 0.2 辐照体积上限‡（微米三) 三 三 125 75 0.5 分辨率（Ω） 35.90–1.90 (2.00–1.90) 35.90–1.90 (2.00–1.90) 39.65–2.10（不适用） 50–1.95 (2.05–1.95) 50–1.85 (1.95–1.85) 〈我/σ(我)〉 7.4 (2.8) 7.3 (3.1) 8.1 (1.9) 4.5 (2.4) 8.4 (2.4) R（右）分裂§ 0.158（不适用） 0.159（不适用） 0.077 (0.540) 0.172 (0.390) 0.064 (0.375) R（右）合并(我) 不适用 不适用 不适用 0.238 (0.541) 0.090 (0.523) R（右）合并(F类) 不适用 不适用 不适用 0.146 (0.280) 0.067 (0.221) 科科斯群岛1/2¶ 不适用 不适用 0.99 (0.90) 0.99 (0.94) 0.99 (0.98) 威尔逊B††(Å2) 28 29 44 32 38 R（右）自由的 0.229 0.227 0.230 0.264 0.245 R（右）工作 0.196 0.189 0.180 0.214 0.230 R.m.s.与理想值的偏差  粘结长度（Ω） 0.006 0.006 0.007 0.006 0.006  粘结长度（°） 1 1.030 1.080 0.872 0.901 收集的帧数 1.47 × 106 1.99 × 106 1.50 × 106 0.07 × 106 0.14 × 106 命中率（%） 4.5 2 11.2 9.9 41.9 索引帧数 12247 10575 40233 5966 35446 指数化率（%） 18.4 26.4 24 86.9 79.3 整体索引率（%） 0.83 0.53 2.67 8.60 33.23 †按以下公式计算放射性剂量（派哈扎尔等。, 2009). 光束表面乘以晶体的最大尺寸（如果光束小于晶体）或晶体体积（如果光束大于晶体）。 §定义见白色等。(2012). ¶如Karplus&Diederichs（2012）所定义). ††根据截断（French&Wilson，1978）)在中央对手方清算所4（Winn等。, 2011).