纳博宁的三维结构纳邦野豌豆，已确定分辨率为1.8º。通过多次同晶置换和优化反常色散获得相位信息。最初仅追踪到17%的氨基酸序列信息，并将其初步细化为晶体学结构R（右）-系数为16.5%。现在，使用从cDNA中获得的全序列信息并在添加更多溶剂分子后，它被精炼为15.9%。纳博宁的单体分子是一个八级平行的β-桶，周围环绕着α-螺旋，呈β/α-拓扑结构，与首次在磷酸三糖异构酶中观察到的类似。多肽链的N末端部分存在差异，其中第一个螺旋被环取代，第二个β链后面是平行放置在α-螺旋α3和α4顶部的额外反平行α-片。存在两个附加的短次级结构。第一个是α螺旋，位于第七条β链和接下来的螺旋之间，第二个是310螺旋，位于第八股和C端螺旋之间。最引人注目的观察结果是柚皮苷缺乏已知的酶功能，因为迄今为止已知的所有类TIM结构都是酶。
