分子生物学的主要兴趣之一是理解结构-功能关系，而X射线晶体学在这方面起着重要作用。当原子分辨率数据可用时，ACORN可作为一种全面有效的阶段化程序，用于确定蛋白质结构。初始模型可以由ARP/wARP自动构建，然后由REFMAC进行细化。许多蛋白质结构中出现的α螺旋和β片可以作为ACORN中结构解的起始片段。ACORN、ARP/wARP和REFMAC可以是一个从头算用于求解数据优于1.2Å（原子分辨率）的蛋白质结构的方法。这里尝试将其应用程序扩展到1.45º分辨率的实际数据，以及1.6º分辨率下的截断数据。使用上述方法解析了两个先前已知的结构，即同源蛋白II和碱性纤维素酶N257。对于各种复杂的蛋白质，正在以更低的分辨率对真实数据进行自动结构求解、定相和精细化。对于ACORN的“种子阶段化”新方法，正在使用PDB进行二级结构特征的数据挖掘。
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