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为Ten Eyck,L.F.找到8条引文。

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结果1至8,按名称排序:


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.小鼠重组催化物的突变体(Serl39Ala)(C类)cAMP依赖性蛋白激酶亚单位与肽抑制剂PKI(5-24)和MEGA-8(辛醇-N个-甲基葡聚糖胺)洗涤剂。使用分辨率在30至1.95º之间的所有观测数据(30 248次反射)对该结构进行了细化R(右)系数为0.186。键长和键角的R.m.s.偏差分别为0.013Å和2.3°。最终模型有3075个原子(207种溶剂),平均值为B类31.9º的因数2.不变蛋白激酶残基的位置和大多数C类:PKI(5-24)相互作用得到确认,但影响残基55-64和309-339的寄存器错误在精炼过程中通过沿先前确定的主干路径将受影响的序列移向C末端而得到纠正。的新详细信息C类:描述了PKI(5-24)相互作用和Ser338自动磷酸化位点,以及催化亚基NH附近的酰基结合位点2终点已确定。

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本文提出了将晶体对称性纳入复傅立叶变换的方法,其形式特别适合与Cooley-Tuckey快速傅立叶变换算法一起使用。晶体变换用少量一维特殊情况表示。这里提出的代数已被用于编写傅里叶综合和傅里叶反演的计算机程序。即使对于一些相当大的问题(7000个结构因子和149000个非对称单元中的网格点),速率限制步骤也是答案的输出。

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提出了一种将具有可接受立体化学的蛋白质模型拟合到一组原子坐标的方法。通过以原子对之间的距离表示所有约束,可以以物理真实的方式实施任何所需的立体化学,同时大大减少计算时间。描述了该技术在嗜热菌蛋白酶中的应用。该方法由E.J.Dodson、N.W.Isaacs和J.S.Rollett独立开发并应用于胰岛素[《水晶学报》。(1976). A类32, 311-315].

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提出了一种通过模型电子密度图的傅里叶反演计算结构因子的方法。分析了该方法和标准方法的成本与原子数、分辨率和空间群复杂性的关系。通过在同一台计算机上对同一问题的两种方法进行计时,将成本函数缩放到一起。对于非中心对称空间群,FFT方法的成本比传统方法低3½到7倍。

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开发了一套程序包,用于有效地对大分子晶体结构进行约束最小二乘细化。该软件包被设计为尽可能灵活和通用。细化过程分为基本单元,每个任务由一个独立的计算机程序处理。每个功能单元通过定义良好的格式文件与包中的其他程序通信。要修改或替换任何程序,用户只需了解该特定元素的功能。立体化学约束是以通用的方式定义的,可以应用于蛋白质、核酸、假体基团、溶剂原子等。键长和键角的指导值是以直接的方式指定的。指定的原子组可以保持不变,也可以在细化过程中被约束为刚体。为了使封装尽可能高效,对所有晶体变换都使用快速傅里叶变换算法。为了突出精细结构中的潜在误差,用户可以列出键长和角度最差的原子,或者位置、温度系数或占据梯度最大的原子。还可以检查蛋白质和溶剂原子是否与对称相关的邻域发生空间冲突。描述了程序包在含细菌叶绿素的蛋白质、溶血素-抑制剂复合物和噬菌体T4溶菌酶突变体中的应用。

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含有cAMP依赖性蛋白激酶催化亚单位、ATP和20-残基抑制剂肽的三元复合物的晶体结构以2.2º的分辨率精制为R(右)值为0.177。为了确定金属结合位点,最初在低浓度镁存在下生长的晶体2+,浸泡在锰中2+二锰2+离子通过反常傅里叶图进行识别。1兆2+离子桥接γ-和β-磷酸盐,并与Asp184和两个水分子相互作用。第二个Mn2+离子与Asn171和Asp l84的侧链以及水分子相互作用。将丝氨酸模拟到抑制剂肽的P位点表明了磷酸转移的机制。

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