核小体DNA的构象与典型的B型双链DNA(dsDNA)的构象有显著不同,并且由于组蛋白核心的紧密结合,通常被认为不如游离的dsDNA灵活和易接近。先前的研究表明,核小体DNA-蛋白质相互作用的关键机制是蛋白质对DNA结合位点的可接近性。在这项工作中,我们使用单分子分析来测量两种转录因子(糖皮质激素受体DNA结合域(GRDBD)和雌激素受体DNA-结合域(ERDBD))在核小体DNA不同位置上与其结合位点结合的稳定性。有趣的是,结果表明,核小体DNA-GRDBD结合并不总是与组蛋白屏蔽效应一致,而是通过额外的结构变化进行调整。此外,基于DNA-GRDBD的晶体结构,通过分子建模和对接方法证实了这些DNA-GRDB相互作用剖面的变化。非常不同的是,ERDBD基本上不能在任何地方与核小体DNA结合,包括未阻断的位置。因此,我们得出结论,核小体DNA-蛋白质相互作用不仅受DNA结合位点组蛋白屏蔽的调节,还受核小体DNA构象变化的调节。