分子动力学（MD）方法已被用于根据X射线纤维衍射数据细化螺旋状大分子聚集体的结构。为了测试该方法的有效性，使用MD方法和传统的约束最小二乘法（RLS）对一组模拟纤维衍射强度进行了烟草花叶病毒结构的细化。MD细化收敛到非常低R（右）因子并生成了具有一般静态立体化学的结构，而RLS细化被捕获在局部能量最小值R（右）因素。结果表明，MD方法的有效实验收敛半径明显大于RLS方法。即使初始结构距离真实结构太远，无法直接细化，MD方法也能够找到与真实结构足够相似的局部极小值，从而改进相位调整，从而产生可解释的差分图，用于模型重建。
