在不使用重原子衍生物、已知片段几何形状或异常分散的情况下，仅利用天然数据解决相问题的传统小分子方法已在0.9º分辨率的两种小蛋白质数据上进行了测试：红细胞生成素（rubredoxin）、普通脱硫弧菌crambin和crambin.在crambin和FeS中存在三个二硫键4rubredoxin中的单元实现了Patterson自动口译以及直接方法的尝试。虽然这两种结构都已经建立，但除了确定成功的解决方案外，在分阶段尝试中没有使用已知的结构。直接方法对于crambin并不成功，尽管正确的相位对于相位细化来说是稳定的，并且给出的优值明显优于在加利福尼亚州50万个随机起始相位集被细化。红曲霉毒素中铁原子的存在似乎将搜索问题的规模降低了许多数量级，但代价是产生“过度一致”的相集，这些相集过度强调铁原子并涉及对映体信息的部分损失。然而，约1%的直接方法试验成功用于测定红细胞生成素，平均相位误差约为56°（总误差）E类>1.2）按标准可降低至约20°E类-傅里叶循环法。限制数据的分辨率会降低溶液的质量，并建议rubredoxin常规直接法溶液的极限分辨率约为1.2º。利用0.9º的数据，自动Patterson解释令人信服地发现了crambin和FeS中的三个二硫键桥4rubredoxin中的单位，在这两种情况下E类-从这些“较重”原子开始的傅里叶循环产生了几乎完整的结构。虽然crambin只能在非常高的分辨率下以这种方式求解，但rubredoxin可以通过Patterson解释解算到1.6º。这些结果强调了以尽可能高的分辨率收集蛋白质数据的好处，并表明，当存在几个“较重”的原子时，在有利的情况下，可以解决从收集的单个本地数据集到“原子分辨率”的相问题。
