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Bhat,T.N.被引用27次。

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搜索巴特,T.N。世界结晶学家名录

结果1到20,按名称排序:


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蛋白质数据库是全球唯一的生物大分子基本结构数据档案。本文介绍并描述了PDB的目标、数据存储和访问的系统、如何获取更多信息以及资源未来开发的计划。

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《水晶学报》。(1975).A类31第48页
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提出了一种利用快速傅里叶变换计算OMIT图的空间群通用计算机程序。在这个过程中,单元单元的非对称单元被分成几个盒子。对于每个盒子,通过现有电子密度分布的傅里叶逆变换计算出一组相位,该分布已被修改,因此盒子内和周围的电子密度值为常数。然后,通过对这些相位的观测振幅进行傅里叶变换,计算每个盒子的OMIT图。该计算机程序可用于在大分子建模和精细化过程中减少电子密度图中的偏差。该程序用于检测核糖核酸酶衍生物的原子模型中的错误(美国马里兰州弗雷德里克国家癌症研究所J.Nachman的个人通信)。

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提出了一种利用互易空间中的类大都会算法(MLA)改进相位的方法。它在MLA中使用密度修正法(DMM)来评估进度并建议相位角的变化。首先,在DMM得出的试验值附近,生成相位角的新选项。然后,使用DMM来评估和提高对直接方法的非负性规则的遵守程度。DMM→相变→DMM→相位变化的过程被多次迭代。对于中心对称情况下,相位可能不会被DMM改变,通过观察到的与计算出的结构系数振幅之比判断是否符合非负性规则,并通过增加180°来生成相位角的新选项。对于非中心对称情况,DMM前后结构因子的振幅和相位值可能不同。然而,只有相位值用于判断是否符合非负性规则,并决定后续相变步骤中的相移。该程序旨在改进确定的阶段从头计算采用一致电子密度方法[Bhat(1984)。《水晶学报》。A类40,C15;(1985). Am.Crystallogr公司。协会年度。会议。,加利福尼亚州斯坦福。文章摘要。您好]。在不同的测试中,通过本文提出的程序获得的相位平均相位误差在55至25°之间,明显优于在类似条件下从DMM获得的相位。

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根据占据率和温度因子对原子散射因子曲线的影响,讨论了无序分子精细化过程中它们之间的相关性。当数据的分辨率有限时,占用率和温度因素以类似的方式影响散射系数曲线,因此它们是相关的。对这种相关性的检查表明,当数据限制在中等分辨率(2.5º)时,占用系数与其暂定值的微小偏差(0.1)可以通过适当的温度系数变化进行补偿。

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《水晶学报》。(1984).A类40第15项
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《水晶学报》。(2009年)。A类65第104节
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《水晶学报》。(1981).A类37第15项
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《水晶学报》。(1996年)。A类52C201-C202型
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开发了一种计算电子密度图的单级计算机程序,该程序适用于检测试探性大分子模型中的误差。在这个过程中,试探性模型中的原子对用于计算其当前位置或附近电子密度值的相位没有贡献,即在包含原子的区域内以及该区域周围的邻域内。这样,用于计算某一区域内电子密度值的相位就不会受到该区域或其邻近区域内模型原子的偏移。给定区域中忽略的原子数保持在总结构的一小部分,因此用于计算电子密度值的相位可能仍然很好地近似于完整结构的相位。该程序用于改进小鼠半乳糖结合免疫球蛋白J539(Ig)Fab部分的模型A类2,κ),其中含有431个残基。

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本文提出了一种对蛋白质分子的不完备原子模型进行结构因子最小二乘求精的方法。通常,结构系数最小二乘法将计算的相位视为与整个模型的观测振幅相关联的可观测值,并假设观测和计算的结构系数之间的差异是由模型的不精确性引起的。建议通过在计算结构因子时包括在现有模型外区域观察到的电子密度特征,使该假设对不完整模型有效。从原子模型和电子密度获得的结构因子可以通过在倒易空间中拟合径向分布函数进行缩放,其相对权重可以通过R(右)-因子搜索程序。

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开发了一种有效的计算机程序,用于从三维电子密度图中提取连续、连接良好的高密度区域。此过程可用于从基于起始原子模型的较小体积生成扩展模型体积。例如,起始模型可能只包括蛋白质的主链原子,也可能省略无法解释的链段。该程序还可用于提取不存在模型的连续密度区域。扩展模型体积用于产生适当缩放的模型电子密度。通过快速傅里叶变换从缩放模型电子密度中获得计算出的结构因子,并结合适当的权重与现有的相位信息,以获得改进的相位角。用新的相位角计算新的电子密度图,启动了快速收敛的循环过程的下一步。该程序已应用于酪氨酸的结构测定-t吨RNA合成酶。它导致了电子密度中大多数可用氨基酸序列的鉴定,以及对主要多肽链的修订追踪。从底物和抑制剂结合的电子密度差图中获得了相位角改善的证据,其中观察到背景密度降低。

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