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UDock2是一个交互式多体蛋白质对接软件，通过直观的实时对接程序和实时评分预测蛋白质相互作用的几何结构

一套用于cryo-EM和cryo-ET数据处理的工具，包括其他工具：Warp、M、WarpTools、MTools、MCore和Noise2Map。

操作变量调用格式（VCF）及其二进制对应项BCF中的变量调用的一组实用程序。所有命令都可以透明地用于未压缩和BGZF-压缩的VCF和BCF。

（序列比对/映射）用于存储大型核苷酸序列比对的通用格式，该格式提供了用于操作比对的各种实用程序，包括按位置格式排序、合并、索引和生成比对。

一个MATLAB软件包，用于管理将原始数据转换为重建层析图的各种预处理步骤。TOMOMAN主要充当外部包的一组包装器脚本，管理每个外部模块的输入和输出，以形成内聚管道。

一个面向对象的Python库，用于分析许多流行格式的分子动力学（MD）模拟的轨迹。它还可以编写大多数这些格式，以及适合可视化或本地分析工具的原子选择。

通过使用先进的蛋白质结构预测模型（如AlphaFold和TrRosetta）设计具有目标结构的新蛋白质，使蛋白质设计可以通过Jupyter笔记本进行。

UCSF Chimera之后，生物计算、可视化和信息学资源（RBVI）的下一代分子可视化程序的工具。与Chimera相比，ChimeraX改进了图形（例如交互式环境阴影）；更快地处理大型结构（数百万个原子）；以及更现代的单窗口用户界面。

Glow是一个多功能的降价工具，提供了用于交互式浏览的基于文本的用户界面（TUI）和用于直接操作降价内容的命令行界面（CLI）。

用于结构生物信息学、蛋白质工程和机器学习的Python库。它提供了用于文件处理、数据库访问、蛋白质表示、结构分析、属性计算和几何操作的工具。