广泛、高度固化的数据

BioCyc将基因组数据与包括代谢重建、调控网络、蛋白质特征、直系图、基因重要性和原子映射在内的一整套附加数据集成在一起。

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基因组浏览器的一部分

基因组浏览器图像

大量生物信息学工具

基因组、代谢网络和调控网络的浏览器。转录组学和代谢组学数据分析、比较分析和代谢途径搜索。序列搜索和对齐。

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BioCyc工具拼贴

 

探索数千种生物体的代谢图

Cellular Overview(细胞概览)允许您浏览针对每个BioCyc生物体定制的可缩放代谢图。

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蜂窝网络概述

Pathway Tools生成的Cellular Overview图像。

肠道沙门菌在iPhone和iPad上

你有没有想过快速了解一下刚刚在演讲或海报上提到的关于基因、蛋白质或通路的已知信息?下载免费的BioCyc iPhone应用程序,随时随地浏览BioCcy!试试iPad版本。

在此处下载

适用于iPhone/iPad的BioCyc iOS应用程序

适用于iPhone/iPad的BioCyc iOS应用程序

RouteSearch:通过代谢网络搜索路径

搜索成本最低的路径通过选定的新陈代谢网络有机体。

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路线搜索图

 

序列基因组的代谢重建

安装SRI的路径工具预测新陈代谢的软件(免费提供给学者)测序基因组的途径,产生代谢模型。

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本地安装的Omics查看器图像

 

基因表达数据分析

该网站提供了多种工具来分析基因表达数据。

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WebOmics图像

Pathway Tools生成的Cellular Overview Omics Viewer图像。

比较基因组分析

该网站提供了多种比较分析工具。

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多基因组浏览器

Pathway Tools生成的Multi-organism Genome Browser图像。

按生物体属性搜索数据库

BioCyc包含以下数据生物体的表型特征,例如人体微生物组体部位、有氧活动和温度范围。

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图片来自Pixabay的Arek Socha

BioCyc数据库集合

像EcoCyc这样的一级数据库是管理最严密的。BioCyc数据库是从MetaCyc计算得出的。

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    请求向BioCyc添加新基因组
BioCyc内的三层数据库图

BioCyc数据库集合

Omics仪表板:Omics数据的新视图

将经济学数据可视化为一组按功能类别分层组织的图形。深入查看感兴趣的领域的更多详细信息。

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仪表板图像

Pathway Tools生成的Cellular Dashboard图像。

肠道沙门菌Pathway基因组数据库

本网站包含542个肠道沙门菌基因组(显示列表)以及相关的代谢途径。其中两个数据库是经过手动管理的Tier 2数据库:

这个网站是更大的生物周期收集了数千个Pathway/基因组数据库用于测序基因组。单击上面的“更改当前数据库”按钮以浏览可用的数据库。

该网站包括广泛的检索、可视化和分析工具,包括基因组浏览器和a代谢图有用于分析基因表达、代谢组学和ChIP-ChIP数据的工具。您可以搜索和对齐序列肠道沙门菌和其他微生物基因组进行比较分析。您可以将基因和路径组存储到SmartTable中,然后浏览、分析并与其他用户共享。

人们在说什么

“BsubCyc是一种极具价值的工具。”

宾夕法尼亚州立大学

保罗·巴比茨克
生物化学教授
&分子生物学

“我的实验室每天都会使用这些资源。”

威斯康星大学

Patricia Kiley,
教授兼主席,
生物分子化学系

“我们几乎每天都依赖BioCyc的基因页面和概览图。”

明尼苏达大学

阿尔卡迪·霍杜斯基
生物化学助理教授

“我们广泛使用BioCyc和MetaCyc来研究我们研究的生物体的代谢和调节过程。”

太平洋西北国家实验室

William Cannon,团队负责人
计算生物学

“BioCyc是银杏科学家的知识和工具的go-to资源。”

银杏生物工厂

“BioCyc是代谢组学中通路分析的巨大资源。”

佐治亚大学

遗传系艺术爱迪生

“我们广泛使用BioCyc全代谢网络图进行组学数据分析。”

五大湖生物能源

Timothy J.Donohue,董事

“我还没有找到另一个比BioCyc界面更好的数据库。”

密歇根大学

Gary B.Huffnagle教授
微生物学和免疫学

学习型图书馆

教程系列

教程#1:BioCyc简介
这六个顺序片段,为您提供BioCyc系列的简明导游咬。要下载或查看,只需单击其中一个链接在每个片段的名称后面。
教程#2:SmartTables简介
以下教程将指导您完成SmartTables,它使您能够创建、上传、共享和分析一组基因、代谢物、通路和序列位点。本教程分为几个部分,从基本操作到更高级的使用,例如作为基因表达分析和代谢组学。要下载或查看,请单击以下链接之一。
教程#3:动物代谢图、比较工具、监管网络
本教程向用户介绍BioCyc.org网站上提供的许多高级工具,用于导航细胞网络、分析大规模数据集和比较生物体。
教程#4:Omics数据分析
本教程将向您展示如何使用BioCyc的工具进行组学数据分析,包括细胞组学查看器、组学仪表板和其他工具。
教程#5:Pathway拼贴
Pathway拼贴是可以自定义的多路径图例如,通过叠加经济数据,改变相对路径的位置,以及修改路径之间的连接。了解如何生成、自定义和导出显示用户指定路径集合的高质量路径拼贴图。
教程#6:创建路径/基因组数据库
教程#7:使用结构化高级查询页面
结构化高级查询页面简介,它允许中一个或多个数据库的复杂查询和查询BioCyc收集。您将了解:设置高级查询的基本步骤;四个日益复杂的查询示例,包括如何跨多个数据库进行查询;哪里可以了解更多有关BioCyc数据库结构的信息。