牛胰腺核糖核酸酶A(RNase A)是一种酶,通过酸碱催化.核糖核酸酶A能够根据蛋白质的结构在结构上形成二聚体、三聚体、四聚体和五聚体核糖核酸酶A单体虽然有许多低聚物,但只知道主要二聚体、次要二聚体和次要三聚体的三维结构。与单体不同,所有低聚物都能够催化双链RNA(dsRNA)的水解。[1]低聚物由3D域交换形成,每个单体单元可能发生一次或两次[2]3D域交换对活性位点的形成没有影响,这在单体和所有低聚物中都是一样的。[2]核糖核酸酶A的低聚物也显示出医学相关性,如抗肿瘤药以及模型,以了解阿尔茨海默病.
成二聚物
核糖核酸酶A具有和二聚体彼此非常相似。虽然它们很相似,但它们是由不同类型的3D域交换形成的。当交换相同的域时,会发生三维域交换。主要二聚体由C末端β链的3D结构域交换形成。[3]另一方面,次要二聚体是通过N端α-螺旋的三维结构域交换形成的[3]。域交换非常特殊,只能在或.
除了铰链环的构象外,这两种二聚体保留了两种单体的结构。这个是两个单体连接的位置,就像门的铰链一样。[2]铰链环最重要的部件是Ala19。使这些铰链具有灵活性。这种灵活性允许二聚体采用不同的取向。[3]
单体的结构不仅在二聚体中守恒,活性也守恒。[3]这个两个二聚体中均含有His12、Lys41和His119残基。活性位点是包含来自一个单体,His119形成另一个单体。[2]在结构域交换过程中,活性位点不会受到干扰,因此二聚体能够保持其酶活性。
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核糖核酸酶A三聚体的形成方式与二聚体相同,只是现在有三个单体亚基。有大三聚体和小三聚体。主要三聚体的结构尚不清楚,但两个三聚体可以通过色谱和凝胶电泳分离。[4]大三聚体比小三聚体更常见。这个形成一个螺旋状的形状。它是在β链的C端交换的3D域。[4]没有看到N端的域交换。当次要三聚体解离时,它形成二聚体和单体。次要和主要二聚体都形成了,但主要二聚物更常见。[4]
与二聚体类似,单体的结构是保守的,除了. The三聚体由与单体和二聚体相同的氨基酸残基组成。三聚体的活性位点与单体和二聚体的活性部位略有不同,因为它具有陷阱。[4]共有四个硫酸根离子与次三聚体结合,三个与活性位点结合,一个与铰链环结合。每个亚基的残基以及其他氨基酸残基与硫酸根离子结合。错综复杂的氢键网络将硫酸盐离子固定在陷阱中。[4]单体和二聚体也有硫酸盐离子与其活性部位结合,但离子似乎在三聚体中具有更强的存在性。离子与活性中心结合,完全被水、淡蓝色球体包围,这是导致硫酸根离子。
酶活性
单体、二聚体和三聚体都具有显著的酶活性。低聚物的顺序越高,其酶活性越高。[4]五聚体虽然结构未知,但显示出最高的酶活性。虽然高阶低聚物是更好的酶,但它们也能更快地降解成亚基。[1]
dsRNA活性越高,活性位点之间的距离越短。有序度较高的低聚物通常更紧密地堆积在一起,这将缩短活性位点之间的距离,使其更具活性。[4]例如,主要二聚体比次要二聚体更活跃,而次要三聚体比主要三聚体更活跃。[4]Liu等人还预测,二聚体和三聚体的扭曲取向允许dsRNA的失稳。因为单体没有扭曲结构,所以它不能使dsRNA失稳。[4]
医学相关性
阿尔茨海默病是一种慢性退化大脑的晚期疾病。阿尔茨海默病的可能原因之一是淀粉样蛋白沉积在整个大脑中。虽然核糖核酸酶A寡聚体不是导致阿尔茨海默病的淀粉样沉积物,但这些寡聚物的折叠为阿尔茨海默氏病淀粉样沉积物的形成提供了线索。
3D结构域交换与淀粉样蛋白纤维的形成有许多相似之处。这两种反应都是来自一种单体的高度特异性反应,并且这些反应可以形成线性聚集体。[4]这些蛋白质聚集体是由铰链环上的氢键形成的,铰链环形成一个反平行的β折叠片。[4]这最常见于主要二聚体。刘建议,所有蛋白质都能够通过结构域交换形成聚集体,只要它们处于高浓度且部分不稳定。[4]通过3D结构域交换形成寡聚体的四十种不同蛋白质已经被鉴定。[5]随着人们对3D结构域交换的进一步了解,它将为阿尔茨海默病患者淀粉样蛋白的形成提供线索。
RNase A 3D结构域交换低聚物具有显著的生物活性,包括变构、抗肿瘤和免疫抑制活性。在抗肿瘤活性中,低聚物降解dsRNA,但它们也能够降解基因翻译过程中发现的DNA和RNA杂交体。[1]在单体和非3D结构域交换低聚物中未观察到相同的活性。[3]这可能是因为单体具有一种不能抑制低聚物活性位点的胱氨酸核糖核酸酶a抑制剂。[4]
核糖核酸酶A的所有低聚物都具有抗肿瘤活性,但更高级的低聚物表现出更大的活性。[1]虽然高阶低聚物更活跃,但它们也更不稳定体内细胞内的通路未知。在低聚物可用作抗肿瘤药物并防止健康细胞中dsRNA降解之前,需要监测高有序低聚物进入细胞的途径及其在细胞内的功能。
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