蛋白质数据库

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这个全球蛋白质数据库（wwPDB）^[1][2]是国际公认的唯一仓库^[3]在所有已发表的、凭经验确定的原子分辨率大分子三维（3D）结构数据中。由Edgar Meyer博士和Walter Hamilton博士于1971年在布鲁克海文国家实验室^[4][5]1994年之前，蛋白质数据库的管理层一直由Tom Koestle领导乔尔·苏斯曼直到1999年，当它被转让给结构生物信息学研究合作实验室（RCSB）RCSB由罗格斯大学和圣地亚哥超级计算机中心管理。它是由海伦·M·伯曼直到2014年7月，Stephen K.Burley接任董事职务^[6]2008年，PDB有三个官方分支机构：结构生物信息学研究合作实验室（美国RCSB）、欧洲生物信息学学会（英国PDBe）和日本蛋白质数据库（大阪PDBj）。

目录 1 新发布周期 2 PDB统计 三 补救 4 序列编号异常 5 改进发布的模型 6 关于蛋白质数据库的更多信息 6.1 另请参阅Proteopedia 6.2 外部来源 7 参考文献和注释

新发布周期

wwPDB每周发布一次新条目。单击主页右上角显示的最新发布日期可以查看这些信息PDB。组织2007年，共发布7280条新条目（平均每周140条）。2011年，共发布8101条新条目（平均155/周）。^[7]

虽然传统条目包括原子坐标文件分子模型，最近实验数据（在晶体学的情况下，结构因子）已经和模型一起沉积。2008年2月1日之后，需要沉积实验数据以及所有新条目。

许多衍生数据库复制、获取信息或为其增值这个原子坐标文件可从wwPDB获得。通常，在PDB发布新版本后不久，这些数据库会自动每周更新一次数据库。蛋白质体就是一个例子。

PDB统计

在pdb.org网站，在主页的右上角，单击PDB统计对于大量有趣的信息，包括通过多种实验方法解决的蛋白质、PDB中的序列冗余、决议、发表了最新大分子结构的100种期刊，以及数据库增长图（根据内容增长).

PDB内容的一些有趣统计数据（最大值、最小值、平均值）总结于信不信由你.

补救

PDB定期修正其存档的数据文件。补救提高了一致性和命名，并纠正了一些错误。补救包括PDB数据格式2007年8月和2009年3月进行了补救。有关详细信息，请访问全球PDB.

以下是影响PDB格式的修正中发生的一些更改示例。

• DNA：2007年8月之前，DNA和RNA核苷酸均命名为A、C、G、T和U。2007年8月份之后，DNA核苷酸更改为DA、DC、DG、DT和DU，而RNA核苷酸继续使用旧的单字母名称。（同时包含DNA和RNA的模型的一个例子是104天.）此更改需要对软件包进行更改，例如焦耳（Jmol），并保留未维护的包，如蛋白质探索者无法正确处理修复的核酸。
• 非标准残留物：一些PDB文件将非标准残基表示为标准残基（ATOM记录）和加合物（HETATM记录）。其中一些被更改为非标准残留物的统一名称，以便同一残留物中的所有原子都具有相同的名称（并且都是HETATM记录）。例如，磷酸丝氨酸下午1点是SER加PHO；磷酸苏氨酸THR加PHO。这些问题已纠正至SEP和TPO。在另一个例子中，甲基化核糖核苷酸310天已命名，例如+C1加CH3。这些问题已向OMC进行了补救，以此类推。
• 原子顺序：在2009年3月的补救中，一些PDB文件中的链和原子顺序以非系统方式发生了变化。这打破了Proteopedia中保存的一些场景，需要重新设计Proteopedia的某些部分（请参阅Proteopedia可避免与补救相关的问题).

数据文件的过时（未修复）版本在每次修复之前由PDB保存，可以获取：请参阅获取未调解的PDB文件.

序列编号异常

PDB中的条目通常包含序列号异常（请参阅同源_建模_服务器#序列_编号_异常).

改进发布的模型

有几个免费的自动化服务器可以改进大多数发布的模型。请参见改进发布的模型和分子模型的质量评估.

关于蛋白质数据库的更多信息

另请参阅Proteopedia

• AlphaFold2预测的结构数据库.
• 模型存档对于非经验的模型。
• 关于高分子结构，Proteopedia中的页面列表
• 原子坐标文件
• 生物单元
• pdb文件
• PDB识别码
• 最高冲击结构有史以来
• 改进发布的模型
• 分子模型的质量评估

外部来源

• 全球蛋白质数据库
• RCSB PDB公司
• 维基百科中的蛋白质数据库
• “蛋白质数据库与社区之间的协同作用”，2021年^[8].
• Berman H、Henrick K、Nakamura H、Markley JL。全球蛋白质数据库（wwPDB）：确保PDB数据的统一存档。核酸研究35:D301-3。（2007）PMID：17142228.
• 伯曼HM等。《蛋白质数据库》，《结晶学报D生物结晶》58:899-907（2002）。PMID：12037327
• H.M.Berman、J.Westbrook、Z.Feng、G.Gilliland、T.N.Bhat、H.Weissig、I.N.Shindyalov、P.E.Bourne：蛋白质数据库。《核酸研究》，第28页，第235-242页（2000年）。PMID：10592235.
• Sussman JL、Lin D、Jiang J、Manning NO、Prilusky J、Ritter O、Abola EE（1998）。“蛋白质数据库（PDB）：生物大分子三维结构信息数据库”。《水晶学报》 D54型:1078-1084.项目管理标识10089483.
• 高分子晶体结构的最早解决方案
• “PDB档案服务于综合和混合方法（IHM）确定的结构（2024年8月）”
• 另请参见理论模型.

参考文献和注释

1. ↑Berman H、Henrick K、Nakamura H宣布建立全球蛋白质数据库。自然结构生物。2003年12月；10(12):980. PMID：14634627数字对象标识：10.1038/nsb1203-980
2. ↑Berman H、Henrick K、Nakamura H、Markley JL。全球蛋白质数据库（wwPDB）：确保PDB数据的单一、统一存档。核酸研究，2007年1月；35（数据库问题）：D301-3。Epub 2006年11月16日。PMID：17142228数字对象标识：10.1093/nar/gkl971年10月10日
3. ↑蛋白质数据库：3D大分子结构数据的单一全球档案。核酸研究2019年1月8日；47（D1）：D520-D528。doi:10.1093/nar/gky949。PMID：30357364数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1093/nar/gky949
4. ↑Bernstein FC、Koetzle TF、Williams GJ、Meyer EF Jr、Brice MD、Rodgers Jr、Kennard O、Shimanouchi T、Tasumi M。蛋白质数据库：基于计算机的大分子结构档案文件。分子生物学杂志。1977年5月25日；112(3):535-42. PMID：875032
5. ↑Sussman JL，Lin D，Jiang J，Manning NO，Prilusky J，Ritter O，Abola EE。蛋白质数据库（PDB）：生物大分子三维结构信息数据库。晶体学报D生物晶体。1998年11月1日；54（第6部分第1部分）：1078-84。PMID：10089483
6. ↑ 领导层转型，RCSB新闻稿，2014年秋季。
7. ↑2012年5月，RCSB发布日期的高级搜索报告了以下数字。2011: 8,101. 2010: 7907. 2009: 7388. 2008: 6964. 2007: 7199.
8. ↑Berman HM.蛋白质数据库与社区之间的协同作用。自然结构分子生物学。2021年5月；28(5):400-401. doi:10.1038/s41594-021-00586-6。PMID：33963295数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1038/s41594-021-00586-6